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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌系统发育树
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暗夜懒猫

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌系统发育树 已有3人参与

敢问给位高手，谁会做细菌系统发育树啊？ 想问一下，就是我筛出来20株菌，单个菌做树会，但是想把他们放在一起做个聚类图，具体怎么做呢？ 还用找标准菌株吗？找多少株呢？
非常感谢了！
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1楼 2014-02-21 17:45:50
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暗夜懒猫

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dllchina at 2014-02-23 01:15:03
举个例子，如果都是一个目的，选取同一纲下典型目的典型种作为参比，不清楚你要做的聚类分析是要放在文章中，还是只是看看系统进化关系

上传了个图，就和这个图一样，M3、M5等是自己筛出来的菌，把它和标准菌放在一起作图。
     是不是就是把自己筛得菌的序列和选取的标准菌序列放在一起，然后把所有序列截成一样长，然后再按步骤做树吗？
细菌系统发育树
图.jpg
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4楼2014-02-25 21:25:09
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看你的目的了。如果想知道这些菌的分类地位，标准菌株是必需的，一般需要相似种和（或）临近属的参考序列。如果看这些菌株的差异，就可以不用标菌株了。

多个菌和一个菌的做法是一样的。
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做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-02-22 19:18:27
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
暗夜懒猫: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-01 20:16:01
举个例子，如果都是一个目的，选取同一纲下典型目的典型种作为参比，不清楚你要做的聚类分析是要放在文章中，还是只是看看系统进化关系

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-02-23 01:15:03
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
引用回帖:
4楼: Originally posted by 暗夜懒猫 at 2014-02-25 21:25:09
上传了个图，就和这个图一样，M3、M5等是自己筛出来的菌，把它和标准菌放在一起作图。
     是不是就是把自己筛得菌的序列和选取的标准菌序列放在一起，然后把所有序列截成一样长，然后再按步骤做树吗？

图.jpg
...

我看你的图有些别扭，但是从位置上看和艾希氏菌属比较近，如果有伯杰氏手册在，可以在里面找到属级以上的系统进化树，便于你选取比对的序列。如果没有，试着多调取一些同科的序列，或者同目下其他科的几个序列即可。方法就是用clust_x比对后，掐头去尾（也就是你说的截成一样长度），再用mega构建分子系统进化树
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5楼2014-02-25 21:31:55
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