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暗夜懒猫

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌系统发育树 已有3人参与

敢问给位高手,谁会做细菌系统发育树啊? 想问一下,就是我筛出来20株菌,单个菌做树会,但是想把他们放在一起做个聚类图,具体怎么做呢? 还用找标准菌株吗?找多少株呢?
非常感谢了!
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
暗夜懒猫: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-01 20:16:01
举个例子,如果都是一个目的,选取同一纲下典型目的典型种作为参比,不清楚你要做的聚类分析是要放在文章中,还是只是看看系统进化关系

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-02-23 01:15:03
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查看全部 6 个回答

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看你的目的了。如果想知道这些菌的分类地位,标准菌株是必需的,一般需要相似种和(或)临近属的参考序列。如果看这些菌株的差异,就可以不用标菌株了。

多个菌和一个菌的做法是一样的。
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-02-22 19:18:27
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暗夜懒猫

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dllchina at 2014-02-23 01:15:03
举个例子,如果都是一个目的,选取同一纲下典型目的典型种作为参比,不清楚你要做的聚类分析是要放在文章中,还是只是看看系统进化关系

上传了个图,就和这个图一样,M3、M5等是自己筛出来的菌,把它和标准菌放在一起作图。
     是不是就是把自己筛得菌的序列和选取的标准菌序列放在一起,然后把所有序列截成一样长,然后再按步骤做树吗?
细菌系统发育树
图.jpg

4楼2014-02-25 21:25:09
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

引用回帖:
4楼: Originally posted by 暗夜懒猫 at 2014-02-25 21:25:09
上传了个图,就和这个图一样,M3、M5等是自己筛出来的菌,把它和标准菌放在一起作图。
     是不是就是把自己筛得菌的序列和选取的标准菌序列放在一起,然后把所有序列截成一样长,然后再按步骤做树吗?

图.jpg
...

我看你的图有些别扭,但是从位置上看和艾希氏菌属比较近,如果有伯杰氏手册在,可以在里面找到属级以上的系统进化树,便于你选取比对的序列。如果没有,试着多调取一些同科的序列,或者同目下其他科的几个序列即可。方法就是用clust_x比对后,掐头去尾(也就是你说的截成一样长度),再用mega构建分子系统进化树
5楼2014-02-25 21:31:55
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