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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » 怎样在某一条染色体的某一段序列里面查基因？
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潇潇然rlx

银虫 (正式写手)

[求助] 怎样在某一条染色体的某一段序列里面查基因？已有5人参与

做基因定位，已经把目标基因锁定到某条染色体上120Kb的区间里面了，接下来我就像找一下在这个区间段里面有哪些基因？怎么利用NCBI查找？
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1楼2014-02-19 16:18:10
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Carnity

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-02-19 17:17:05
有序列的话，Blast一下好了；或者用Pfam试试；UCSC不知道能不能搞定（人的都有，不知道你用的什么生物）
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2楼2014-02-19 17:06:43
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-20 08:29:33
可以在NCBI里面参看，里面有个mapview，你可以限定显示序列范围，然后就可以查看那一个区段里面到目前为止已经注释的基因
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2014-02-19 17:18:11
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forrestgump

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-20 08:29:38
使用UCSC就比较好哦，在里差ref gene 就ok！
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4楼2014-02-19 19:22:32
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-22 21:30:14
你有序列的话，建议你利用网上的序列分析软件找出可能的基因编码序列。做一个简单表达分析看看基因是否有活性。
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hehe
5楼2014-02-22 20:55:20
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nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-28 16:28:27
潇潇然rlx: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢哦，感觉我们专业一样啊。。看样子是大神级人物了啊。。 2014-03-28 18:19:23
如果是水稻，可以在这个网站看到
http://agri-trait.dna.affrc.go.jp/index.html
选择region search，输入你的两个侧翼标记序列。
或者在http://rice.plantbiology.msu.edu/和http://rapdb.dna.affrc.go.jp/上，确定侧翼标记序列的染色体位置即可显示相应的候选基因。
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知识改变命运
6楼2014-03-28 14:58:14
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