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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 测序结果讨论
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木含24

木虫 (小有名气)

[求助] 测序结果讨论 已有2人参与

1、本人测了A物种的某段序列，经与NCBI比对，发现该序列与近缘物种B的某基因序列可以比对上，同源性高，但是它是与NCBI上提供的B的互补序列的反向序列有同源性（相同）。   我本来觉得测序公司所给的结果应该是按照从5到3的顺序排列的，可这么一来又有点怀疑，到底对不对？如果是这个顺序，那么是不是说明其中一个物种的染色体在该序列附近发生交换？重组？还是怎么？

2、大家都说说如果拿到某物种的几个BAC克隆全长序列（每个有100多Kb），你会怎么做？怎么分析？怎么写文章？或者接下来怎么做实验？等等。
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1楼 2014-01-05 11:55:35
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gyl121

新虫 (正式写手)
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:12:04
楼主的情况刚好也是我所碰到的，我个人的观点：序列对应过来应该是重复片段，只是两边的引物区不同，也就是保守区的不同，建议楼主看下同源性比对的物种所用的引物与你是否相同？应该可以看出来问题，至于提到的重组，交换等，没考虑过，我也在摸索这个问题，可以交流下
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不经一番寒彻骨，怎得梅花扑鼻香？为科学进步不懈努力
2楼2014-01-05 12:40:54
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woshishui916

木虫 (著名写手)
★ ★
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gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:12:12
测序公司给的序列正反向是随机的
建议你拿完整的序列
有BAC要做？？

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3楼2014-01-05 14:51:51
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木含24

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-05 12:40:54
楼主的情况刚好也是我所碰到的，我个人的观点：序列对应过来应该是重复片段，只是两边的引物区不同，也就是保守区的不同，建议楼主看下同源性比对的物种所用的引物与你是否相同？应该可以看出来问题，至于提到的重组 ...

哦，好的，谢谢
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4楼2014-01-06 14:38:44
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木含24

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-05 12:40:54
楼主的情况刚好也是我所碰到的，我个人的观点：序列对应过来应该是重复片段，只是两边的引物区不同，也就是保守区的不同，建议楼主看下同源性比对的物种所用的引物与你是否相同？应该可以看出来问题，至于提到的重组 ...

哦，好的，谢谢
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5楼2014-01-06 14:38:51
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木含24

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by woshishui916 at 2014-01-05 14:51:51
测序公司给的序列正反向是随机的
建议你拿完整的序列
有BAC要做？？

你的意思是，按照测序峰图读取的序列并非一定是从5‘到3’的？我是在测BAC克隆的全长序列
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6楼2014-01-06 14:41:43
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woshishui916

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6楼: Originally posted by 木含24 at 2014-01-06 14:41:43
你的意思是，按照测序峰图读取的序列并非一定是从5‘到3’的？我是在测BAC克隆的全长序列...

是的，本来两条链就是反向互补的，确定任何一条链的序列，另外一条就确定了。所以在你没有选择方向的情况下，测序公司是随机的。
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7楼2014-01-06 15:29:35
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gyl121

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7楼: Originally posted by woshishui916 at 2014-01-06 15:29:35
是的，本来两条链就是反向互补的，确定任何一条链的序列，另外一条就确定了。所以在你没有选择方向的情况下，测序公司是随机的。...

难道网上数据库里的序列，提交的还有反向序列的？就不能全部是同向的，这不是严重的坑吗？哎，还是看引物，如果不放心，直接把别人做的那个重复下就是了，直接明了
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不经一番寒彻骨，怎得梅花扑鼻香？为科学进步不懈努力
8楼2014-01-07 10:45:55
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woshishui916

木虫 (著名写手)
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8楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-07 10:45:55
难道网上数据库里的序列，提交的还有反向序列的？就不能全部是同向的，这不是严重的坑吗？哎，还是看引物，如果不放心，直接把别人做的那个重复下就是了，直接明了...

自己反向互补下就是了，不矛盾得

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9楼2014-01-07 11:08:11
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gyl121

新虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by woshishui916 at 2014-01-07 11:08:11
自己反向互补下就是了，不矛盾得
...

那个我看过的，我是觉得有没有别的方面，重复类型的，试试吧，重复做那个实验，看结果，这样也安心些
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不经一番寒彻骨，怎得梅花扑鼻香？为科学进步不懈努力
10楼2014-01-07 11:18:05
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