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木含24

木虫 (小有名气)

[求助] 测序结果讨论 已有2人参与

1、本人测了A物种的某段序列,经与NCBI比对,发现该序列与近缘物种B的某基因序列可以比对上,同源性高,但是它是与NCBI上提供的B的互补序列的反向序列有同源性(相同)。   我本来觉得测序公司所给的结果应该是按照从5到3的顺序排列的,可这么一来又有点怀疑,到底对不对?如果是这个顺序,那么是不是说明其中一个物种的染色体在该序列附近发生交换?重组?还是怎么?

2、大家都说说如果拿到某物种的几个BAC克隆全长序列(每个有100多Kb),你会怎么做?怎么分析?怎么写文章?或者接下来怎么做实验?等等。
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gyl121

新虫 (正式写手)

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-05 15:12:04
楼主的情况刚好也是我所碰到的,我个人的观点:序列对应过来应该是重复片段,只是两边的引物区不同,也就是保守区的不同,建议楼主看下同源性比对的物种所用的引物与你是否相同?应该可以看出来问题,至于提到的重组,交换等,没考虑过,我也在摸索这个问题,可以交流下
不经一番寒彻骨,怎得梅花扑鼻香?为科学进步不懈努力
2楼2014-01-05 12:40:54
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woshishui916

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-05 15:12:12
测序公司给的序列正反向是随机的
建议你拿完整的序列
有BAC要做??

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-01-05 14:51:51
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木含24

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-05 12:40:54
楼主的情况刚好也是我所碰到的,我个人的观点:序列对应过来应该是重复片段,只是两边的引物区不同,也就是保守区的不同,建议楼主看下同源性比对的物种所用的引物与你是否相同?应该可以看出来问题,至于提到的重组 ...

哦,好的,谢谢
4楼2014-01-06 14:38:44
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木含24

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-05 12:40:54
楼主的情况刚好也是我所碰到的,我个人的观点:序列对应过来应该是重复片段,只是两边的引物区不同,也就是保守区的不同,建议楼主看下同源性比对的物种所用的引物与你是否相同?应该可以看出来问题,至于提到的重组 ...

哦,好的,谢谢
5楼2014-01-06 14:38:51
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木含24

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by woshishui916 at 2014-01-05 14:51:51
测序公司给的序列正反向是随机的
建议你拿完整的序列
有BAC要做??

你的意思是,按照测序峰图读取的序列并非一定是从5‘到3’的?我是在测BAC克隆的全长序列
6楼2014-01-06 14:41:43
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woshishui916

木虫 (著名写手)


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6楼: Originally posted by 木含24 at 2014-01-06 14:41:43
你的意思是,按照测序峰图读取的序列并非一定是从5‘到3’的?我是在测BAC克隆的全长序列...

是的,本来两条链就是反向互补的,确定任何一条链的序列,另外一条就确定了。所以在你没有选择方向的情况下,测序公司是随机的。
7楼2014-01-06 15:29:35
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gyl121

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by woshishui916 at 2014-01-06 15:29:35
是的,本来两条链就是反向互补的,确定任何一条链的序列,另外一条就确定了。所以在你没有选择方向的情况下,测序公司是随机的。...

难道网上数据库里的序列,提交的还有反向序列的?就不能全部是同向的,这不是严重的坑吗?哎,还是看引物,如果不放心,直接把别人做的那个重复下就是了,直接明了
不经一番寒彻骨,怎得梅花扑鼻香?为科学进步不懈努力
8楼2014-01-07 10:45:55
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woshishui916

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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8楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-07 10:45:55
难道网上数据库里的序列,提交的还有反向序列的?就不能全部是同向的,这不是严重的坑吗?哎,还是看引物,如果不放心,直接把别人做的那个重复下就是了,直接明了...

自己反向互补下就是了,不矛盾得

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2014-01-07 11:08:11
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gyl121

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by woshishui916 at 2014-01-07 11:08:11
自己反向互补下就是了,不矛盾得
...

那个我看过的,我是觉得有没有别的方面,重复类型的,试试吧,重复做那个实验,看结果,这样也安心些
不经一番寒彻骨,怎得梅花扑鼻香?为科学进步不懈努力
10楼2014-01-07 11:18:05
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