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胡化静

木虫 (小有名气)

[求助] 上下游引物的,退火温度怎么设?已有2人参与

我的上下游引物的Tm相差20度,一个63.7,一个83.1,退火温度我设定的是62。P不出来,连引物二聚体都没有。有没有高手指点一下?
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啦啦啦
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Dr.G

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 胡化静 at 2013-12-16 09:28:22
有一个引物GC含量71%,但是我是加端的,加的片段GC含量就是高。...

1.引物额外加端的序列不用参与引物Tm值的计算
2.模板的GC含量怎么样,有没有超过60%,如果超过60%就算比较高了,这个时候就不太好扩了,可以适量加入DMSO(二甲基亚砜)帮助解链
3.你的模板是基因组还是cDNA,模板有多长?
建议:1.把你的正反向引物的Tm值调到一致(加长Tm值低的引物长度,减短Tm高的引物长度);2.依照你使用的Taq酶的使用说明重新设置反应条件(退火温度和延生时间很关键)再试试;
祝你好运
5楼2013-12-17 19:58:32
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小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
重新设计引物,相差这么大,特异性太差了,肯定P不出来。也可以让80的那个引物减少个数
世界上只有一种真正的英雄主义,那就是看清生活的真相之后,依然热爱生活。
2楼2013-12-15 20:18:26
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Dr.G

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-15 21:56:29
胡化静: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-16 09:21:51
你好,你用的DNA聚合酶的说明书上要求的最适退火温度是多少?(有的是Tm低1-2度,有的低5度等等)
1.引物设计的原则之一就是正反向引物的Tm值尽量一致;
2.P不出来常见原因:a.退火温度太高,引物与模板互补配对结合效率低或者不能结合;b.模板GC含量太高,变性时不易解链;c.模板浓度太低;d.模板降解了
3.62度的退火温度,Tm值是83的引物理论上可以和引物互补配对结合了。
建议:1.统计模板GC含量高不高;2.降低退火温度试一试(根据你用的聚合酶的说明来降低)
3楼2013-12-15 21:16:28
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胡化静

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Dr.G at 2013-12-15 21:16:28
你好,你用的DNA聚合酶的说明书上要求的最适退火温度是多少?(有的是Tm低1-2度,有的低5度等等)
1.引物设计的原则之一就是正反向引物的Tm值尽量一致;
2.P不出来常见原因:a.退火温度太高,引物与模板互补配对结 ...

有一个引物GC含量71%,但是我是加端的,加的片段GC含量就是高。
啦啦啦
4楼2013-12-16 09:28:22
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