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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 在一株菌里面找与已知基因功能相同的基因的详细方法
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dazhen9527

新虫 (小有名气)

[求助] 在一株菌里面找与已知基因功能相同的基因的详细方法 已有1人参与

如题，小弟新手，求详解！KEGG数据库可以达到这种目的吗？
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justdoit
1楼 2013-10-29 20:51:57
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2013-12-31 16:06:35
看你如何分析，
理论上先进行基因组的预测，然后将预测的基因跟数据进行比对，blastp。
即真核 GenemarkES -》 基因氨基酸序列 -》跟数据库的序列进行blastp比对 -》 对比对结果处理，得到比对的同源序列。
细菌预测用的是glimmer3而已。

已知参考序列的话，就直接跟参考序列进行blast，非常近缘blastn，一般近缘还是blastp吧。
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2楼2013-12-26 16:59:18
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