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蛋白序列的BLAST
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| 我现在有一个链霉菌，但目前这个菌的基因组还没有被注释，现在这个菌的所有的可能的蛋白序列已经被预测出来了，现在想从蛋白序列入手同天蓝色链霉菌（模式菌）比对它的蛋白序列，得到我的这个菌中的蛋白信息。想问的是我如何将我的菌的蛋白序列同天蓝色链霉菌的蛋白序列对比，最好是批量对比，了解我的菌中的蛋白有哪些是可以知道功能的（具体是什么功能，催化什么反应），哪些是不知道的？还望各位了解这方面的多多指教~！ |
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4楼2013-10-20 09:41:45
qingarmy
金虫 (正式写手)
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- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
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jmcookie: 金币+1, ★有帮助, 不知道这个能不能实现批量Blast，我先试试，谢谢你哦 2013-10-19 09:00:13
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| http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... LAST_INIT=GlobalAln你试试这个，这是NCBI中的一个蛋白比对工具，我不常用这个，希望对你有用 |
2楼2013-10-19 07:29:06
【答案】应助回帖
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laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2013-10-21 08:52:46
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| ExPASy是一个专业分析蛋白的网站，由瑞士生物信息研究所（SIB）维护，可对蛋白质序列、结构及2-D电泳数据进行分析。在网站上，依据不同目的，有很多工具可供选择。网址为http://www.expasy.org/。生物信息学课上老师讲的。 |
3楼2013-10-19 09:59:32
5楼2013-10-21 08:39:37
