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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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skyboyman

金虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序后,如何进行序列分析?!

我是刚刚接触转录组学的新手,向大家请教。我们对野生型菌和基因敲除菌进行了转录组学测序,就是RNA-sequencing,有参考基因组序列的转录组。请问大家拿到测序结果后,如何分析啊?需要什么软件?需要一些资料看看,非常谢谢!
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qapollo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
skyboyman: 金币+6, 有帮助 2013-10-21 17:51:05
是委托公司做的么?如果是公司做的应该会帮你分析,组后的结果应该某些mRNA表达有差异,用RT-PCR验证一下实验结果,选择正确的、感兴趣的进行下一步的功能验证。那些mRNA应该是注释过的,不是有编号就是有名称,你可以在NCBI或是EBI上查询到相关信息。你可以在网上查查RNA-seq的相关文献,非常的多,很容易帮你找到思路。
3楼2013-10-20 01:48:43
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-19 21:02:18
skyboyman: 金币+4 2013-10-21 17:51:09
可以用mRNA序列预测基因,可以用Spidey网上软件。获得了mRNA全序列后可以进入:Spidey网页:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Ostell/Spidey/   .
2楼2013-10-19 13:05:38
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