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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序后，如何进行序列分析？！
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skyboyman

金虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序后，如何进行序列分析？！

我是刚刚接触转录组学的新手，向大家请教。我们对野生型菌和基因敲除菌进行了转录组学测序，就是RNA-sequencing，有参考基因组序列的转录组。请问大家拿到测序结果后，如何分析啊？需要什么软件？需要一些资料看看，非常谢谢！
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1楼 2013-10-18 18:41:58
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qapollo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
skyboyman: 金币+6, ★有帮助 2013-10-21 17:51:05
是委托公司做的么？如果是公司做的应该会帮你分析，组后的结果应该某些mRNA表达有差异，用RT-PCR验证一下实验结果，选择正确的、感兴趣的进行下一步的功能验证。那些mRNA应该是注释过的，不是有编号就是有名称，你可以在NCBI或是EBI上查询到相关信息。你可以在网上查查RNA-seq的相关文献，非常的多，很容易帮你找到思路。
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3楼2013-10-20 01:48:43
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-19 21:02:18
skyboyman: 金币+4 2013-10-21 17:51:09
可以用mRNA序列预测基因，可以用Spidey网上软件。获得了mRNA全序列后可以进入：Spidey网页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Ostell/Spidey/   .
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2楼2013-10-19 13:05:38
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