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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中,多肽上关键氨基酸的预测?

请教一下各位虫友,不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的,我现在筛选到一条多肽,只有十来个氨基酸,完全是随机序列,没有cys来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合,然后我想做改造,希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力,想提高其生理功能,考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中,哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的,请问该怎么做呢?有没有什么软件,还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来?谢谢!
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凌波丽

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5.配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列确定后,用点突变的方法加以验证,并且用实验方法检测和比较突变前后的配体多肽与受体蛋白质相互作用的结合力的数值的变化。
这部分用SRP技术,即Surface plasmon resonance。
Surface plasmon resonance (SPR) is the collective oscillation of electrons in a solid or liquid stimulated by incident light. The resonance condition is established when the frequency of light photons matches the natural frequency of surface electrons oscillating against the restoring force of positive nuclei. SPR in nanometer-sized structures is called localized surface plasmon resonance.

SPR is the basis of many standard tools for measuring adsorption of material onto planar metal (typically gold and silver) surfaces or onto the surface of metal nanoparticles. It is the fundamental principle behind many color-based biosensor applications and different lab-on-a-chip sensors.
摘自:
http://en.wikipedia.org/wiki/Surface_plasmon_resonance
34楼2013-09-19 14:24:44
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普通回帖

小雨莎莎

木虫 (正式写手)

有没有人给点建议啊~~
2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, 有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!
3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!

不是偶联的,是我有一个多肽,筛选出来的,是能个跟靶蛋白结合,现在是要做优化,希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸,然后突变一下,看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不?
4楼2013-09-04 22:18:06
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+2, 有帮助, 谢谢关注! 2013-09-05 09:33:47
你就多肽本身?这个很难形成结构啊。
我以前做过phage display,就是用随机库来筛选的。多肽结构在噬菌体上展现
5楼2013-09-05 06:00:49
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-05 06:00:49
你就多肽本身?这个很难形成结构啊。
我以前做过phage display,就是用随机库来筛选的。多肽结构在噬菌体上展现

我是用bacterial display 筛选到的,也是一个随机的多肽库。但是我们老板不愿意做一个偏向库来再筛了,就想把手头上有的这个进行生物信息学分析,看看在结合的过程中,哪个氨基酸比较重要,然后突变掉再看看结合情况怎样~这样子可行不?
6楼2013-09-05 09:33:36
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢! 2013-09-05 21:21:27
内容已删除
7楼2013-09-05 19:43:09
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

内容已删除
8楼2013-09-05 21:21:16
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zgfxray

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-09-06 07:47:22
小雨莎莎: 金币+2, 有帮助, 3Q 2013-09-06 09:17:23
你的蛋白有结构吗?不知你为何不做共晶?

[ 发自小木虫客户端 ]
认真对待每件事
9楼2013-09-05 23:41:04
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
小雨莎莎: 金币+2, 有帮助, 3Q 2013-09-06 09:17:14
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小雨莎莎 at 2013-09-05 21:21:16
有没有必要请生物信息学的同学来帮忙啊~...

当然可以,不过不要抱太大希望。
10楼2013-09-06 07:47:11
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