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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-09 16:56:17
你的实验的预测与模拟部分我查出了很多方法，不用花钱，用网上数据库和预测软件就可以实现，比我远想的要简单很多。但是楼主课题的实验部分，我还要确定很多细节，所以大概下周我才能完整的回复楼主完整的试验流程（ ...

谢谢！我们想的是突变掉多肽，因为多肽短，要换一个氨基酸还是可行的，就是多合成几条多肽咯~您觉得呢？现在问题就是那个autodock我下载下来装不了~而且看着我也不会用哦~对结构方面我就是个不能再菜的菜鸟了~谢谢哈~
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21楼2013-09-09 17:22:06
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

点突变多肽是一般可行的，突变掉多肽后对于多肽-蛋白质的相互作用的检测并不能指示出蛋白质分子表面的多肽-蛋白质的相互作用的具体位点，只能指示出多肽上的与蛋白质的相互作用的具体位点。

试验检测多肽-蛋白质的相互作用或者蛋白质-蛋白质的相互作用的方法很多，如果让我做，我不会使用噬菌体展示检测，而会使用更省事的一组试验方法，点突变后的多肽-蛋白质的相互作用的检测，我也不会用噬菌体展示检测；对于蛋白质点突变而后，用实验方法多肽-蛋白质的相互作用，出于更加严谨的试验流程，可以在最后一步执行，不过不使用噬菌体展示检测，太麻烦。

你的课题用不着分子对接软件，具体材料（包括预测+试验检测）我昨天已经把草稿写完了，今天交到文印室去录入，我自己没有时间录入，内容比较多，录入完我会修改补充，下周正回复你这贴。以上问题我会在正式回复中提出自己的protocols,现在不回答是因为我考虑可能会有更好的protocols。
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22楼2013-09-10 08:29:24
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小雨莎莎: 金币+2, ★有帮助 2013-09-11 09:09:44
在筛到随机序列的时候一般是找到多条序列一般（20~50个克隆的噬菌体）然后找规律，看氨基酸组成的规律（这步直接看就行，需要些经验和耐心，特别是不连续的基序）根据基序设计新的多肽序列（一般5条左右就够了）固相肽合成。然后测结合能力。以上均不需要模拟计算。现在对多肽的模拟还不成熟，仅能提供参考，关键是15肽快的话两三天就能合完，加分离纯化1周足够，一次多合几条，有计算的时间结合常数都测完了。
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23楼2013-09-11 08:53:10
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 08:53:10
在筛到随机序列的时候一般是找到多条序列一般（20~50个克隆的噬菌体）然后找规律，看氨基酸组成的规律（这步直接看就行，需要些经验和耐心，特别是不连续的基序）根据基序设计新的多肽序列（一般5条左右就够了）固相 ...

我们其实也是想这么做的，但是很奇怪的是，我得到的多肽没有找到明显的motif，老板也就以此为理由，不同意构建偏向库，所以直接就进入了亲和力和下游的一些实验了~合成的话我们都是送外面合的，结合常数只同意测一条。现在我们想改造，但是老板不愿意做实验，所以才考虑先模拟然后再通过类似ELISA的方法来筛选~
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24楼2013-09-11 09:09:24
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

出现“孤儿序列”，这就比较麻烦了。不行只能先测这条肽的亲和力，排除假阳性和非特异。然后再以此为骨架合成一系列肽，先测亲和然后再按照亲和的结果再改。但送出去合成确实不大方便。关键是老板的态度，做事不由东，累死也无功。但弄小肽和蛋白对接也不太好做，1是软件的靠谱程度不高，锦上添花还行，靠它筛选和自己蒙差不多。刚性小分子的好很多。
2.筛选的肽序列的结合部位是未知的。该肽和蛋白的哪一部分结合是未知的，而不像酶的抑制剂之类的筛选知道结合部位，会减小很多计算量。3.搞生物信息学的一般都不怎么做实验（还有不少是计算机相关专业转行的）对靶标蛋白的作用力的理解程度差别很大。4.LZ想自己学很好，但要做好花时间的准备。另外无论是模拟，还是直接下一步，序列的设计是关键，计算机只能从你设计好的序列中筛出符合参数的。
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小雨莎莎
25楼2013-09-11 12:03:58
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
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25楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 12:03:58
出现“孤儿序列”，这就比较麻烦了。不行只能先测这条肽的亲和力，排除假阳性和非特异。然后再以此为骨架合成一系列肽，先测亲和然后再按照亲和的结果再改。但送出去合成确实不大方便。关键是老板的态度，做事不由东 ...

现在我也是只能这么做了，针对出现的次数最多的那个多肽，做了一系列的生理啊细胞的实验，但是我总是觉得可以再深挖一下，比如说改造的，这样更有意义。因为多肽只有十五个氨基酸，要变也比较方便，但是老板坚持是希望先模拟一下结合的情况，找到重要的氨基酸再突变那几个氨基酸，所以我也没办法，请问有什么比较好的软件可以推荐？
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26楼2013-09-11 12:48:19
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2013-09-11 15:03:29
我觉得序列改造如果不是你所擅长的，那还不如在细胞上做得深些。因为如果开始序列优化和设计基本可以新立一个课题了。我们一般都是多肽序列是半经验的设计，然后测结合。结合好的再用dock的软件算一下，计算我们都是找一些学理论化学的合作的。凌波丽可能有更好的方案。你再等等。另外既没有计算的基础又不擅长合成肽的话，不如将自己实验室的强项发挥好，毕竟深入一个新的领域需要投入太多的时间和精力，与其这样不如将自己原有的长处发挥好。给你个丁香园的链接上面有dock软件的介绍，你可以看看http://www.dxy.cn/bbs/thread/7616494#7616494
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27楼2013-09-11 13:36:34
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
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27楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 13:36:34
我觉得序列改造如果不是你所擅长的，那还不如在细胞上做得深些。因为如果开始序列优化和设计基本可以新立一个课题了。我们一般都是多肽序列是半经验的设计，然后测结合。结合好的再用dock的软件算一下，计算我们都是 ...

我们实验室号称说是专门筛多肽的，但是筛了出来就从来没有好好改造过，我本来意思是让老板帮我联系一些苏大那边的做生物信息学研究的人来帮忙~但是老板的意思是让我自己摸索~细胞的话一边也在做，但是还是希望自己能探索一下。autodock下载了，装不了也不会用啊，感觉自己再这方面就是不能再菜的菜鸟了~
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28楼2013-09-11 15:03:17
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hl16010921

木虫 (正式写手)
有拓展研究领域的思想是好的，但序列改造不是很容易的，有时筛到的几乎就是最优的。现在许多多肽药物还都是天然序列，一方面是安全性的原因，另一方面改造对结合活性意义不大（在一个数量级）。相反，对多肽的改造多集中在抗酶解，提高稳定性，口服相关以及缓释。甚至以牺牲结合力来达到以上目的。只有筛选抑制剂对结合力比较注重。所以不要科研有时别太钻牛角尖，即使你的序列结合力提高一个数量级，生物学效应可能改善得微乎其微（大多数多肽的体内半衰期才几分钟）。有时换一种思路也可以。金币留着给能教你做docking的吧。
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小雨莎莎
29楼2013-09-11 15:32:30
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小雨莎莎

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29楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 15:32:30
有拓展研究领域的思想是好的，但序列改造不是很容易的，有时筛到的几乎就是最优的。现在许多多肽药物还都是天然序列，一方面是安全性的原因，另一方面改造对结合活性意义不大（在一个数量级）。相反，对多肽的改造多 ...

谢谢！
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30楼2013-09-11 15:43:13
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