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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中,多肽上关键氨基酸的预测?

请教一下各位虫友,不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的,我现在筛选到一条多肽,只有十来个氨基酸,完全是随机序列,没有cys来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合,然后我想做改造,希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力,想提高其生理功能,考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中,哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的,请问该怎么做呢?有没有什么软件,还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来?谢谢!
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hl16010921

木虫 (正式写手)

有拓展研究领域的思想是好的,但序列改造不是很容易的,有时筛到的几乎就是最优的。现在许多多肽药物还都是天然序列,一方面是安全性的原因,另一方面改造对结合活性意义不大(在一个数量级)。相反,对多肽的改造多集中在抗酶解,提高稳定性,口服相关以及缓释。甚至以牺牲结合力来达到以上目的。只有筛选抑制剂对结合力比较注重。所以不要科研有时别太钻牛角尖,即使你的序列结合力提高一个数量级,生物学效应可能改善得微乎其微(大多数多肽的体内半衰期才几分钟)。有时换一种思路也可以。金币留着给能教你做docking的吧。

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29楼2013-09-11 15:32:30
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

有没有人给点建议啊~~
2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, 有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!
3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!

不是偶联的,是我有一个多肽,筛选出来的,是能个跟靶蛋白结合,现在是要做优化,希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸,然后突变一下,看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不?
4楼2013-09-04 22:18:06
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