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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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专业: 细胞增殖、生长与分化

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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专业: 生物大分子结构与功能
管辖: 生物科学综合

你的实验的预测与模拟部分我查出了很多方法，不用花钱，用网上数据库和预测软件就可以实现，比我远想的要简单很多。但是楼主课题的实验部分，我还要确定很多细节，所以大概下周我才能完整的回复楼主完整的试验流程（预测与模拟+实验检测）。
在这里我可以明确地告诉楼主：仅仅根据预测与模拟分子结合位点的数据是不可能被承认的，必须要有试验检测。但是要是如楼主所言用点突变蛋白质的被预测的接触残基后，再用噬菌体展示或者其他任何实验方法用点突变蛋白质的被预测的接触残基的蛋白质与多肽的结合情况，得出的蛋白质-多肽的结合位点的结论会被群起而攻之！
因为用点突变蛋白质的被预测的接触残基后，蛋白质的折叠状态可能会改变，尤其是从头表达时更是如此。。。先说这些了。你得等等吧。