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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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专业: 生物大分子结构与功能
管辖: 生物科学综合

【答案】应助回帖

点突变多肽是一般可行的，突变掉多肽后对于多肽-蛋白质的相互作用的检测并不能指示出蛋白质分子表面的多肽-蛋白质的相互作用的具体位点，只能指示出多肽上的与蛋白质的相互作用的具体位点。

试验检测多肽-蛋白质的相互作用或者蛋白质-蛋白质的相互作用的方法很多，如果让我做，我不会使用噬菌体展示检测，而会使用更省事的一组试验方法，点突变后的多肽-蛋白质的相互作用的检测，我也不会用噬菌体展示检测；对于蛋白质点突变而后，用实验方法多肽-蛋白质的相互作用，出于更加严谨的试验流程，可以在最后一步执行，不过不使用噬菌体展示检测，太麻烦。

你的课题用不着分子对接软件，具体材料（包括预测+试验检测）我昨天已经把草稿写完了，今天交到文印室去录入，我自己没有时间录入，内容比较多，录入完我会修改补充，下周正回复你这贴。以上问题我会在正式回复中提出自己的protocols,现在不回答是因为我考虑可能会有更好的protocols。