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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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hl16010921

木虫 (正式写手)

BioEPI: 7
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专业: 生物化学

【答案】应助回帖

出现“孤儿序列”，这就比较麻烦了。不行只能先测这条肽的亲和力，排除假阳性和非特异。然后再以此为骨架合成一系列肽，先测亲和然后再按照亲和的结果再改。但送出去合成确实不大方便。关键是老板的态度，做事不由东，累死也无功。但弄小肽和蛋白对接也不太好做，1是软件的靠谱程度不高，锦上添花还行，靠它筛选和自己蒙差不多。刚性小分子的好很多。
2.筛选的肽序列的结合部位是未知的。该肽和蛋白的哪一部分结合是未知的，而不像酶的抑制剂之类的筛选知道结合部位，会减小很多计算量。3.搞生物信息学的一般都不怎么做实验（还有不少是计算机相关专业转行的）对靶标蛋白的作用力的理解程度差别很大。4.LZ想自己学很好，但要做好花时间的准备。另外无论是模拟，还是直接下一步，序列的设计是关键，计算机只能从你设计好的序列中筛出符合参数的。