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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中,多肽上关键氨基酸的预测?

请教一下各位虫友,不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的,我现在筛选到一条多肽,只有十来个氨基酸,完全是随机序列,没有cys来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合,然后我想做改造,希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力,想提高其生理功能,考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中,哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的,请问该怎么做呢?有没有什么软件,还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来?谢谢!
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
25楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 12:03:58
出现“孤儿序列”,这就比较麻烦了。不行只能先测这条肽的亲和力,排除假阳性和非特异。然后再以此为骨架合成一系列肽,先测亲和然后再按照亲和的结果再改。但送出去合成确实不大方便。关键是老板的态度,做事不由东 ...

现在我也是只能这么做了,针对出现的次数最多的那个多肽,做了一系列的生理啊细胞的实验,但是我总是觉得可以再深挖一下,比如说改造的,这样更有意义。因为多肽只有十五个氨基酸,要变也比较方便,但是老板坚持是希望先模拟一下结合的情况,找到重要的氨基酸再突变那几个氨基酸,所以我也没办法,请问有什么比较好的软件可以推荐?
26楼2013-09-11 12:48:19
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

有没有人给点建议啊~~
2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, 有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!
3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!

不是偶联的,是我有一个多肽,筛选出来的,是能个跟靶蛋白结合,现在是要做优化,希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸,然后突变一下,看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不?
4楼2013-09-04 22:18:06
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