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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！
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1楼 2013-09-04 16:49:06
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
25楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 12:03:58
出现“孤儿序列”，这就比较麻烦了。不行只能先测这条肽的亲和力，排除假阳性和非特异。然后再以此为骨架合成一系列肽，先测亲和然后再按照亲和的结果再改。但送出去合成确实不大方便。关键是老板的态度，做事不由东 ...

现在我也是只能这么做了，针对出现的次数最多的那个多肽，做了一系列的生理啊细胞的实验，但是我总是觉得可以再深挖一下，比如说改造的，这样更有意义。因为多肽只有十五个氨基酸，要变也比较方便，但是老板坚持是希望先模拟一下结合的情况，找到重要的氨基酸再突变那几个氨基酸，所以我也没办法，请问有什么比较好的软件可以推荐？
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26楼2013-09-11 12:48:19
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
有没有人给点建议啊~~
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2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, ★有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗？这个多肽上最好有Lys  ，Glu  ASP或者是Cys！
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3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗？这个多肽上最好有Lys  ，Glu  ASP或者是Cys！

不是偶联的，是我有一个多肽，筛选出来的，是能个跟靶蛋白结合，现在是要做优化，希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸，然后突变一下，看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不？
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4楼2013-09-04 22:18:06
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