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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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hl16010921

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2013-09-11 15:03:29

我觉得序列改造如果不是你所擅长的，那还不如在细胞上做得深些。因为如果开始序列优化和设计基本可以新立一个课题了。我们一般都是多肽序列是半经验的设计，然后测结合。结合好的再用dock的软件算一下，计算我们都是找一些学理论化学的合作的。凌波丽可能有更好的方案。你再等等。另外既没有计算的基础又不擅长合成肽的话，不如将自己实验室的强项发挥好，毕竟深入一个新的领域需要投入太多的时间和精力，与其这样不如将自己原有的长处发挥好。给你个丁香园的链接上面有dock软件的介绍，你可以看看http://www.dxy.cn/bbs/thread/7616494#7616494