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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！
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1楼 2013-09-04 16:49:06
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 13:36:34
我觉得序列改造如果不是你所擅长的，那还不如在细胞上做得深些。因为如果开始序列优化和设计基本可以新立一个课题了。我们一般都是多肽序列是半经验的设计，然后测结合。结合好的再用dock的软件算一下，计算我们都是 ...

我们实验室号称说是专门筛多肽的，但是筛了出来就从来没有好好改造过，我本来意思是让老板帮我联系一些苏大那边的做生物信息学研究的人来帮忙~但是老板的意思是让我自己摸索~细胞的话一边也在做，但是还是希望自己能探索一下。autodock下载了，装不了也不会用啊，感觉自己再这方面就是不能再菜的菜鸟了~
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28楼2013-09-11 15:03:17
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
有没有人给点建议啊~~
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2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, ★有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗？这个多肽上最好有Lys  ，Glu  ASP或者是Cys！
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3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗？这个多肽上最好有Lys  ，Glu  ASP或者是Cys！

不是偶联的，是我有一个多肽，筛选出来的，是能个跟靶蛋白结合，现在是要做优化，希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸，然后突变一下，看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不？
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4楼2013-09-04 22:18:06
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