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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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hl16010921

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★
小雨莎莎: 金币+2, ★有帮助 2013-09-11 09:09:44

在筛到随机序列的时候一般是找到多条序列一般（20~50个克隆的噬菌体）然后找规律，看氨基酸组成的规律（这步直接看就行，需要些经验和耐心，特别是不连续的基序）根据基序设计新的多肽序列（一般5条左右就够了）固相肽合成。然后测结合能力。以上均不需要模拟计算。现在对多肽的模拟还不成熟，仅能提供参考，关键是15肽快的话两三天就能合完，加分离纯化1周足够，一次多合几条，有计算的时间结合常数都测完了。