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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢！就剩这些金币啦~全送啦~3Q 2013-09-22 10:26:57
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列的确定
总体思路与研究方法：
用免费软件或者从免费数据库获得配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列信息。
不要使用分子对接软件（无论是否是免费）预测配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列，现在分子对接软件对于 配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列的确定精度不够，而且也没有必要。配体多肽在数据库没有ID，是否可能从免费数据库预测到近似的配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列信息。
直接利用数据库的已有信息即可做出有效的预测。
无论有如何精确的预测也必须要用实验检测才会被承认。
配体多肽、受体蛋白质的二级和三级结构预测的软件；配体多肽、受体蛋白质的二级和三级结构预测对于后续工作的价值。
如果不知道受体蛋白质的全序列，可以用哪些方法快速获得。从头测序是最后的不得已的手段。
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的用共价交联加以固定化。
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联加以固定化实质上是受体-配体的一种共价交联。
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联的交联剂的选择及其理由。
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联的交联是否是只限于配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点之间，如果不是，如何加以避免和区别。
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联成功的高通量检测方法（质谱、光谱、分子筛层析、非变性凝胶电泳等），最好是不损失检测样品。
被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化。
有限水解片段蛋白质，
被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化，分子筛层析、非变性凝胶电泳等。
(3)尽量减少被共价交联固定化的双股多肽片段的游离单肽链部分。
共价交联方法加以固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化的序列测定。
串联质谱方法(MS-MS)鉴定和搜索多肽序列的原理。
串联质谱方法(MS-MS)从头测定多肽序列的原理。
串联质谱方法(MS-MS)检测蛋白质翻译后加工的原理与举例分析。
Edman 降解反应在多肽测序时遇到修饰氨基酸的具体反映。会不会终止反应？会不会一定不终止反应？如果不终止反应对于测定具体的修饰氨基酸的位点是否有帮助。
非质谱方法测定蛋白质翻译后加工。
被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的串联质谱方法(MS-MS)从头测序。
被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的非串联质谱方法(MS-MS)的从头测序。
被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的扣除法推定测序。
被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列确定是否需要重新解开交联，如果必须如此是否可行，应该如何选择交联剂。
分支状肽链的结构的质谱与非质谱确定方法。
肽链的分支状共价修饰结构的质谱与非质谱确定方法。
配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列确定后，用点突变的方法加以验证，并且用实验方法检测和比较突变前后的配体多肽与受体蛋白质相互作用的结合力的数值的变化。
     以上每一条都具体的对应的内容（包括研究实例），没有留下空白的标题。

因为内容很多，我先把提纲回答给你，然后会把提纲填充上具体的内容。时间不会很长。
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31楼2013-09-19 11:14:18
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
就研究多肽-蛋白质相互作用而言，确定彼此的相互作用的具体作为序列还是有价值的。
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32楼2013-09-19 11:17:25
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列的确定
总体思路与研究方法：
1用免费软件或者从免费数据库获得配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列信息。
（1）不要使用分子对接软件（无论是否是免费）预测配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列，现在分子对接软件对于 配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列的确定精度不够，而且也没有必要。配体多肽在数据库没有ID，是否可能从免费数据库预测到近似的配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列信息。
（2）直接利用数据库的已有信息即可做出有效的预测。
（3）无论有如何精确的预测也必须要用实验检测才会被承认。
（4）配体多肽、受体蛋白质的二级和三级结构预测的软件；配体多肽、受体蛋白质的二级和三级结构预测对于后续工作的价值。
（5）如果不知道受体蛋白质的全序列，可以用哪些方法快速获得。从头测序是最后的不得已的手段。
2.配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的用共价交联加以固定化。
（1）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联加以固定化实质上是受体-配体的一种共价交联。
（2）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联的交联剂的选择及其理由。
（3）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联的交联是否是只限于配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点之间，如果不是，如何加以避免和区别。
（4）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联成功的高通量检测方法（质谱、光谱、分子筛层析、非变性凝胶电泳等），最好是不损失检测样品。
3.被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化。
（1）有限水解片段蛋白质，
（2）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化，分子筛层析、非变性凝胶电泳等。
（3）尽量减少被共价交联固定化的双股多肽片段的游离单肽链部分。
4.共价交联方法加以固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化后的序列测定。
（1）串联质谱方法(MS-MS)鉴定和搜索多肽序列的原理。
（2）串联质谱方法(MS-MS)从头测定多肽序列的原理。
（3）串联质谱方法(MS-MS)检测蛋白质翻译后加工的原理与举例分析。
（4）Edman 降解反应在多肽测序时遇到修饰氨基酸的具体反映。会不会终止反应？会不会一定不终止反应？如果不终止反应对于测定具体的修饰氨基酸的位点是否有帮助。
（5）非质谱方法测定蛋白质翻译后加工。
（6）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的串联质谱方法(MS-MS)从头测序。
（7）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的非串联质谱方法(MS-MS)的从头测序。
（8）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的扣除法推定测序。
（9）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列确定是否需要重新解开交联，如果必须如此是否可行，应该如何选择交联剂。
（10）分支状肽链的结构的质谱与非质谱确定方法。
（11）肽链的分支状共价修饰结构的质谱与非质谱确定方法。
5.配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列确定后，用点突变的方法加以验证，并且用实验方法检测和比较突变前后的配体多肽与受体蛋白质相互作用的结合力的数值的变化。
     以上每一条都具体的对应的内容（包括研究实例），没有留下空白的标题。因为内容很多，我先把提纲回答给你，然后会把提纲填充上具体的内容。时间不会很长。31楼的帖子序号没有了，所以重贴。
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33楼2013-09-19 11:22:59
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
5.配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列确定后，用点突变的方法加以验证，并且用实验方法检测和比较突变前后的配体多肽与受体蛋白质相互作用的结合力的数值的变化。
这部分用SRP技术，即Surface plasmon resonance。
Surface plasmon resonance (SPR) is the collective oscillation of electrons in a solid or liquid stimulated by incident light. The resonance condition is established when the frequency of light photons matches the natural frequency of surface electrons oscillating against the restoring force of positive nuclei. SPR in nanometer-sized structures is called localized surface plasmon resonance.

SPR is the basis of many standard tools for measuring adsorption of material onto planar metal (typically gold and silver) surfaces or onto the surface of metal nanoparticles. It is the fundamental principle behind many color-based biosensor applications and different lab-on-a-chip sensors.
摘自：
http://en.wikipedia.org/wiki/Surface_plasmon_resonance
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34楼2013-09-19 14:24:44
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jxmomomo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 小雨莎莎 at 2013-09-09 16:50:10
呃，在蛋白质研究上我不是特别的了解，简直就是门外汉哈，能否请教一下如何把多肽与非共价相互作用的蛋白共价相连？因为我们都是做简单的偶联就用EDC缩合的方法，但是要把相互结合位点的氨基酸偶连起来我还真是不太 ...

楼主，刚刚看到你说你们做EDC介导的缩合反应，不知道能否交流一下经验呢？
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求不只好好毕业~
35楼2015-06-03 11:57:21
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ErinSong

铁杆木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小雨莎莎 at 2013-09-04 19:39:59
有没有人给点建议啊~~

其实你这个肽比较短，可以做丙氨酸扫描，将每个氨基酸用丙氨酸替代，合成后进行活性测定，如果某一条被替换后的氨基酸活性仍然能够得到保持，那么这个氨基酸就不是很重要的
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36楼2015-10-23 16:43:32
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dianxiyifeng

铜虫 (正式写手)
已知了配体活性片段，如何对此片段进行改造以提高稳定性呢？
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忍为上，忧要忍，喜也要忍
37楼2016-09-20 13:36:18
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国旗下的娃

新虫 (初入文坛)
老师您好，我现在也要做这方面的课题，请问您后来做出来了么，使用的什么方法做出来的？
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38楼2017-06-07 21:52:00
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