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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

BioEPI: 1
应助: 2 (幼儿园)
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在线: 381.2小时
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性别: MM
专业: 细胞增殖、生长与分化

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

专家经验: +218
BioEPI: 11
应助: 397 (硕士)
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注册: 2012-04-19
性别: MM
专业: 生物大分子结构与功能
管辖: 生物科学综合

配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列的确定
总体思路与研究方法：
1用免费软件或者从免费数据库获得配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列信息。
（1）不要使用分子对接软件（无论是否是免费）预测配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列，现在分子对接软件对于配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的序列的确定精度不够，而且也没有必要。配体多肽在数据库没有ID，是否可能从免费数据库预测到近似的配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列信息。
（2）直接利用数据库的已有信息即可做出有效的预测。
（3）无论有如何精确的预测也必须要用实验检测才会被承认。
（4）配体多肽、受体蛋白质的二级和三级结构预测的软件；配体多肽、受体蛋白质的二级和三级结构预测对于后续工作的价值。
（5）如果不知道受体蛋白质的全序列，可以用哪些方法快速获得。从头测序是最后的不得已的手段。
2.配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的用共价交联加以固定化。
（1）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联加以固定化实质上是受体-配体的一种共价交联。
（2）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联的交联剂的选择及其理由。
（3）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联的交联是否是只限于配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点之间，如果不是，如何加以避免和区别。
（4）配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的共价交联成功的高通量检测方法（质谱、光谱、分子筛层析、非变性凝胶电泳等），最好是不损失检测样品。
3.被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化。
（1）有限水解片段蛋白质，
（2）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化，分子筛层析、非变性凝胶电泳等。
（3）尽量减少被共价交联固定化的双股多肽片段的游离单肽链部分。
4.共价交联方法加以固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列分离和纯化后的序列测定。
（1）串联质谱方法(MS-MS)鉴定和搜索多肽序列的原理。
（2）串联质谱方法(MS-MS)从头测定多肽序列的原理。
（3）串联质谱方法(MS-MS)检测蛋白质翻译后加工的原理与举例分析。
（4）Edman 降解反应在多肽测序时遇到修饰氨基酸的具体反映。会不会终止反应？会不会一定不终止反应？如果不终止反应对于测定具体的修饰氨基酸的位点是否有帮助。
（5）非质谱方法测定蛋白质翻译后加工。
（6）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的串联质谱方法(MS-MS)从头测序。
（7）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的非串联质谱方法(MS-MS)的从头测序。
（8）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列的扣除法推定测序。
（9）被共价交联固定化的配体多肽与受体蛋白质相互作用的位点的片段序列确定是否需要重新解开交联，如果必须如此是否可行，应该如何选择交联剂。
（10）分支状肽链的结构的质谱与非质谱确定方法。
（11）肽链的分支状共价修饰结构的质谱与非质谱确定方法。
5.配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列确定后，用点突变的方法加以验证，并且用实验方法检测和比较突变前后的配体多肽与受体蛋白质相互作用的结合力的数值的变化。
以上每一条都具体的对应的内容（包括研究实例），没有留下空白的标题。因为内容很多，我先把提纲回答给你，然后会把提纲填充上具体的内容。时间不会很长。31楼的帖子序号没有了，所以重贴。