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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

BioEPI: 1
应助: 2 (幼儿园)
金币: 3963.2
散金: 6
红花: 6
帖子: 995
在线: 381.5小时
虫号: 1281496
注册: 2011-04-29
性别: MM
专业: 细胞增殖、生长与分化

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

专家经验: +218
BioEPI: 11
应助: 397 (硕士)
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虫号: 1766465
注册: 2012-04-19
性别: MM
专业: 生物大分子结构与功能
管辖: 生物科学综合

5.配体多肽-受体蛋白质的可能的相互作用的位点的序列确定后，用点突变的方法加以验证，并且用实验方法检测和比较突变前后的配体多肽与受体蛋白质相互作用的结合力的数值的变化。
这部分用SRP技术，即Surface plasmon resonance。
Surface plasmon resonance (SPR) is the collective oscillation of electrons in a solid or liquid stimulated by incident light. The resonance condition is established when the frequency of light photons matches the natural frequency of surface electrons oscillating against the restoring force of positive nuclei. SPR in nanometer-sized structures is called localized surface plasmon resonance.

SPR is the basis of many standard tools for measuring adsorption of material onto planar metal (typically gold and silver) surfaces or onto the surface of metal nanoparticles. It is the fundamental principle behind many color-based biosensor applications and different lab-on-a-chip sensors.
摘自：
http://en.wikipedia.org/wiki/Surface_plasmon_resonance