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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中,多肽上关键氨基酸的预测?

请教一下各位虫友,不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的,我现在筛选到一条多肽,只有十来个氨基酸,完全是随机序列,没有cys来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合,然后我想做改造,希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力,想提高其生理功能,考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中,哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的,请问该怎么做呢?有没有什么软件,还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来?谢谢!
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
18楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-09 00:07:11
我就先提示楼主几点:
1.如何将多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接?然后如何去掉多余的肽段?再如何把多余的肽段的序列测出来?
2.如果不知道蛋白质的全序列,有什么办法知道去全序列,用MS-MS测序---- ...

呃,在蛋白质研究上我不是特别的了解,简直就是门外汉哈,能否请教一下如何把多肽与非共价相互作用的蛋白共价相连?因为我们都是做简单的偶联就用EDC缩合的方法,但是要把相互结合位点的氨基酸偶连起来我还真是不太了解哦~因为这个多肽是随机的,也没有什么特别的酶切位点能够让我把多余的肽段切掉。况且这个多肽只有15个氨基酸哦~~
19楼2013-09-09 16:50:10
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

有没有人给点建议啊~~
2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, 有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!
3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!

不是偶联的,是我有一个多肽,筛选出来的,是能个跟靶蛋白结合,现在是要做优化,希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸,然后突变一下,看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不?
4楼2013-09-04 22:18:06
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