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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

18楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-09 00:07:11
我就先提示楼主几点：
1.如何将多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接？然后如何去掉多余的肽段？再如何把多余的肽段的序列测出来？
2.如果不知道蛋白质的全序列，有什么办法知道去全序列，用MS-MS测序---- ...

呃，在蛋白质研究上我不是特别的了解，简直就是门外汉哈，能否请教一下如何把多肽与非共价相互作用的蛋白共价相连？因为我们都是做简单的偶联就用EDC缩合的方法，但是要把相互结合位点的氨基酸偶连起来我还真是不太了解哦~因为这个多肽是随机的，也没有什么特别的酶切位点能够让我把多余的肽段切掉。况且这个多肽只有15个氨基酸哦~~