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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+10, ★★★很有帮助, 3Q 2013-09-09 13:38:47

我就先提示楼主几点：
1.如何将多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接？然后如何去掉多余的肽段？再如何把多余的肽段的序列测出来？
2.如果不知道蛋白质的全序列，有什么办法知道去全序列，用MS-MS测序-------估计有钱太多都不知道该怎么花了！------那有什么其他办法？用ediman降解法的自动测序仪当然是一种办法，还有更省事的办法吗？
3.多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接后，我们怎么能够知道大致的位点，以便去除多余的部分？--------这部做好了，可以省很多钱的。
4.用分子对接软件预测多肽与其非共价的相互作用的蛋白质的结合位点行不行？
5.多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接的Bioconjugate方法有哪些选择？考虑一下如何针对不同的氨基酸侧链？如果引起蛋白质分子表面的分布丰富的氨基酸的修饰，如何避免"杂音"-------或者去掉杂音或者创建同种的本底信息，在比对中去掉？
侧链
6.不要总是琢磨从上游动手，光是构建基因就够忙一阵的，也不嫌累！---------能够直接从多肽和蛋白质本身动手就不要从基因表达水平动手。NMR看来玩不起，那么就没有别的办法可以解析复合物的空间结构了？共结晶就算了。
7.能不能考虑单分子成像技术？
8.不要只用单一技术，而应该综合使用研究技术，多角度考虑。先进的技术要用，不先进的但是有效的研究技术巧妙的使用，可能也会有意想不到的收获。
9.设想1-5在不知道蛋白质的空间结构的情况下能够实现吗？
10.不知道蛋白质的空间结构的情况，能不能预测其空间结构（模拟）？可以用那些软件？这样的模拟对于你的实验具体有哪些价值？
我就先说这些，实际上我已经说了一些实验流程的ideas.