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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zgfxray at 2013-09-05 23:41:04
你的蛋白有结构吗？不知你为何不做共晶？

蛋白好像是有结构的，但是做晶体要money啊~我们老板是想用最少的钱做做多的事情~唉，简而言之不愿意花钱~so~
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11楼2013-09-06 09:17:03
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xiaohaizi0220

木虫 (正式写手)

基础研发之沉默

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+5, ★★★很有帮助, 3Q 2013-09-06 17:31:14
你去这个网站看看，非常全面的蛋白质研究工具。由于太多，我用的也就几个，需要你自己来研究和尝试一下。http://www.expasy.org/proteomics
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有限的我却思考无限的存在
12楼2013-09-06 16:29:05
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zgfxray

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by 小雨莎莎 at 2013-09-06 09:17:03
蛋白好像是有结构的，但是做晶体要money啊~我们老板是想用最少的钱做做多的事情~唉，简而言之不愿意花钱~so~...

好吧，你找到后可以跟大家分享一下

[ 发自小木虫客户端 ]
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认真对待每件事
13楼2013-09-07 23:36:29
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by zgfxray at 2013-09-07 23:36:29
好吧，你找到后可以跟大家分享一下
...

那能介绍一下共晶肿么做么~完全不懂做大分子结构的~
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14楼2013-09-08 09:26:36
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

共结晶还是不要做了吧！单独结晶一种蛋白质都和不容易，别说共结晶了。
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15楼2013-09-08 17:16:47
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+10, ★★★很有帮助, 3Q！ 2013-09-08 17:32:50
当然是有软件可以模拟蛋白质-多肽、蛋白质-蛋白质相互之作用的；还以用交联剂把彼此接触的蛋白质-蛋白质、蛋白质-多肽之间形成共价连接，然后分析结构结合的序列；另外用冷冻电镜也可以研究蛋白质-多肽、蛋白质-蛋白质相互之作用的具体的精细结构；NMR当然也可以解析蛋白质-多肽、蛋白质-蛋白质相互之作用的具体的精细结构，但是先要用自旋量子数不为零的原子同位素标记，要从上游开始，况且分子量大于40KD基本上现在就能没戏了，所以还是算了吧；还可以用单分子生物学实验技术。。。

方法无论是模拟方法还试验方法都有很多，模拟出来也要用实验进行检测。我们可以具体讨论，但是今天我没有时间了，晚上有安排，而且也不是一两句话能够说清楚的，改日在讨论吧。
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16楼2013-09-08 17:25:58
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

今天需要我晚上6点到达的邀请包括我在内的十数人的饭局正式开始前，对于楼主的实验的全流程，我实际上已经想出来了。不过细节比较众多，所以改日我再再和你具体讨论了，可能还要贴一些实验手册（英文版）。
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17楼2013-09-08 23:44:07
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小雨莎莎: 金币+10, ★★★很有帮助, 3Q 2013-09-09 13:38:47
我就先提示楼主几点：
1.如何将多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接？然后如何去掉多余的肽段？再如何把多余的肽段的序列测出来？
2.如果不知道蛋白质的全序列，有什么办法知道去全序列，用MS-MS测序-------估计有钱太多都不知道该怎么花了！------那有什么其他办法？用ediman降解法的自动测序仪当然是一种办法，还有更省事的办法吗？
3.多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接后，我们怎么能够知道大致的位点，以便去除多余的部分？--------这部做好了，可以省很多钱的。
4.用分子对接软件预测多肽与其非共价的相互作用的蛋白质的结合位点行不行？
5.多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接的Bioconjugate方法有哪些选择？考虑一下如何针对不同的氨基酸侧链？如果引起蛋白质分子表面的分布丰富的氨基酸的修饰，如何避免"杂音"-------或者去掉杂音或者创建同种的本底信息，在比对中去掉？
侧链
6.不要总是琢磨从上游动手，光是构建基因就够忙一阵的，也不嫌累！---------能够直接从多肽和蛋白质本身动手就不要从基因表达水平动手。NMR看来玩不起，那么就没有别的办法可以解析复合物的空间结构了？共结晶就算了。
7.能不能考虑单分子成像技术？
8.不要只用单一技术，而应该综合使用研究技术，多角度考虑。先进的技术要用，不先进的但是有效的研究技术巧妙的使用，可能也会有意想不到的收获。
9.设想1-5在不知道蛋白质的空间结构的情况下能够实现吗？
10.不知道蛋白质的空间结构的情况，能不能预测其空间结构（模拟）？可以用那些软件？这样的模拟对于你的实验具体有哪些价值？
我就先说这些，实际上我已经说了一些实验流程的ideas.
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

小雨莎莎
18楼2013-09-09 00:07:11
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
18楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-09-09 00:07:11
我就先提示楼主几点：
1.如何将多肽与其非共价的相互作用的蛋白质共价相连接？然后如何去掉多余的肽段？再如何把多余的肽段的序列测出来？
2.如果不知道蛋白质的全序列，有什么办法知道去全序列，用MS-MS测序---- ...

呃，在蛋白质研究上我不是特别的了解，简直就是门外汉哈，能否请教一下如何把多肽与非共价相互作用的蛋白共价相连？因为我们都是做简单的偶联就用EDC缩合的方法，但是要把相互结合位点的氨基酸偶连起来我还真是不太了解哦~因为这个多肽是随机的，也没有什么特别的酶切位点能够让我把多余的肽段切掉。况且这个多肽只有15个氨基酸哦~~
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19楼2013-09-09 16:50:10
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
你的实验的预测与模拟部分我查出了很多方法，不用花钱，用网上数据库和预测软件就可以实现，比我远想的要简单很多。但是楼主课题的实验部分，我还要确定很多细节，所以大概下周我才能完整的回复楼主完整的试验流程（预测与模拟+实验检测）。
在这里我可以明确地告诉楼主：仅仅根据预测与模拟分子结合位点的数据是不可能被承认的，必须要有试验检测。但是要是如楼主所言用点突变蛋白质的被预测的接触残基后，再用噬菌体展示或者其他任何实验方法用点突变蛋白质的被预测的接触残基的蛋白质与多肽的结合情况，得出的蛋白质-多肽的结合位点的结论会被群起而攻之！
因为用点突变蛋白质的被预测的接触残基后，蛋白质的折叠状态可能会改变，尤其是从头表达时更是如此。。。先说这些了。你得等等吧。
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20楼2013-09-09 16:56:17
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