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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中，多肽上关键氨基酸的预测？

请教一下各位虫友，不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的，我现在筛选到一条多肽，只有十来个氨基酸，完全是随机序列，没有ｃｙｓ来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合，然后我想做改造，希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力，想提高其生理功能，考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中，哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的，请问该怎么做呢？有没有什么软件，还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来？谢谢！

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1楼 2013-09-04 16:49:06

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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【答案】应助回帖

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小雨莎莎: 金币+10, ★★★很有帮助, 3Q！ 2013-09-08 17:32:50

当然是有软件可以模拟蛋白质-多肽、蛋白质-蛋白质相互之作用的；还以用交联剂把彼此接触的蛋白质-蛋白质、蛋白质-多肽之间形成共价连接，然后分析结构结合的序列；另外用冷冻电镜也可以研究蛋白质-多肽、蛋白质-蛋白质相互之作用的具体的精细结构；NMR当然也可以解析蛋白质-多肽、蛋白质-蛋白质相互之作用的具体的精细结构，但是先要用自旋量子数不为零的原子同位素标记，要从上游开始，况且分子量大于40KD基本上现在就能没戏了，所以还是算了吧；还可以用单分子生物学实验技术。。。

方法无论是模拟方法还试验方法都有很多，模拟出来也要用实验进行检测。我们可以具体讨论，但是今天我没有时间了，晚上有安排，而且也不是一两句话能够说清楚的，改日在讨论吧。