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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

[求助] 请教如何进行多肽与蛋白结合的过程中,多肽上关键氨基酸的预测?

请教一下各位虫友,不知道有没有做过蛋白或者多肽结构运算或者是预测的,我现在筛选到一条多肽,只有十来个氨基酸,完全是随机序列,没有cys来固定一个闭合环。这个多肽能够与一个特定的靶蛋白结合,然后我想做改造,希望能优化它与靶点的结合情况比如说想增强亲和力,想提高其生理功能,考虑想要预测一下或者计算模拟一下在这十五个氨基酸中,哪些氨基酸是对结合有很重要的作用的,请问该怎么做呢?有没有什么软件,还是说需要通过做生物信息学研究的老师帮忙才能做出来?谢谢!
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
23楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 08:53:10
在筛到随机序列的时候一般是找到多条序列一般(20~50个克隆的噬菌体)然后找规律,看氨基酸组成的规律(这步直接看就行,需要些经验和耐心,特别是不连续的基序)根据基序设计新的多肽序列(一般5条左右就够了)固相 ...

我们其实也是想这么做的,但是很奇怪的是,我得到的多肽没有找到明显的motif,老板也就以此为理由,不同意构建偏向库,所以直接就进入了亲和力和下游的一些实验了~合成的话我们都是送外面合的,结合常数只同意测一条。现在我们想改造,但是老板不愿意做实验,所以才考虑先模拟然后再通过类似ELISA的方法来筛选~
24楼2013-09-11 09:09:24
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

有没有人给点建议啊~~
2楼2013-09-04 19:39:59
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shale1983

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小雨莎莎: 金币+1, 有帮助, 谢谢关注~ 2013-09-04 22:18:29
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!
3楼2013-09-04 22:15:27
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小雨莎莎

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by shale1983 at 2013-09-04 22:15:27
您是将多肽与特定的蛋白质偶联吗?这个多肽上最好有Lys  ,Glu  ASP或者是Cys!

不是偶联的,是我有一个多肽,筛选出来的,是能个跟靶蛋白结合,现在是要做优化,希望能预测出在这个结合过程中比较重要的氨基酸,然后突变一下,看看能不能有更好效果的多肽出来~~不知道我这么说清楚不?
4楼2013-09-04 22:18:06
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