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chboit

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[交流] 求助目的基因全序列查询！已有4人参与

找了一天也找不到，目的基因是硫酸盐还原菌的脱硫基因dsrB（dissimilatory sulfite reductase），想找到它的全序列来做质粒合成，求帮助啊！！！！！Sample Text

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1楼 2013-08-06 20:19:45

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huanghznd

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gyesang: 金币+5, good! 2013-08-07 16:00:05

dissimilatory sulfite reductase [uncultured sulfate-reducing bacterium]
GenBank: ABI97365.1
FASTA Graphics
Go to:
LOCUS    ABI97365                250 aa          linear ENV 13-NOV-2008
DEFINITION  dissimilatory sulfite reductase, partial [uncultured
         sulfate-reducing bacterium].
ACCESSION ABI97365
VERSION    ABI97365.1  GI:115432176
DBSOURCE accession DQ903925.1
KEYWORDS .
SOURCE    uncultured sulfate-reducing bacterium
  ORGANISM  uncultured sulfate-reducing bacterium
         Bacteria; environmental samples.
REFERENCE 1  (residues 1 to 250)
  AUTHORS Chi Fru,E. and Athar,R.
  TITLE    In situ bacterial colonization of compacted bentonite under deep
         geological high-level radioactive waste repository conditions
  JOURNAL Appl. Microbiol. Biotechnol. 79 (3), 499-510 (2008)
PUBMED 18379777
REFERENCE 2  (residues 1 to 250)
  AUTHORS Fru,E.C., Atha,R., O'Neill,A.H. and Pedersen,K.
  TITLE    Comparative 16S rRNA and dissimilatory sulfite reductase (DSR) gene
         characterization of sulfate-reducing prokaryotes in a deep granitic
         environment
  JOURNAL Unpublished
REFERENCE 3  (residues 1 to 250)
  AUTHORS Fru,E.C., Atha,R., O'Neill,A.H. and Pedersen,K.
  TITLE    Direct Submission
  JOURNAL Submitted (16-AUG-2006) Cell and Molecular Biology, Microbiology,
         Gothenburg University, Box 462, Gothenburg 405 30, Sweden
COMMENT    Method: conceptual translation.
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..250
                  /organism="uncultured sulfate-reducing bacterium"
                  /isolation_source="granitic aquifer"
                  /db_xref="taxon:153939"
                  /clone="R4"
                  /environmental_sample
   Protein       <1..>250
                  /product="dissimilatory sulfite reductase"
   Region       1..>250
                  /region_name="dsrA"
                  /note="sulfite reductase, dissimilatory-type alpha
                  subunit; TIGR02064"
                  /db_xref="CDD:211711"
   Region       16..74
                  /region_name="NIR_SIR_ferr"
                  /note="Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half
                  domain; pfam03460"
                  /db_xref="CDD:202646"
   CDS          1..250
                  /gene="dsrA"
                  /coded_by="DQ903925.1:<1..>753"
                  /codon_start=3
                  /transl_table=11
ORIGIN
      1 rfsdvpeqfp aaahfhtirv nqpsgwyytt dalrqlydiw dkygsgltnm hgstgdavfl
   61 gagtdeledi fcelskaewd lggsgsdvrt pscclgpsrc efacydtlal tydltmtyqd
   121 elhrpifpyk wkfkmagcpn dcvasiarsd fsiigtwrdd iridhdavte yaeagldikf
   181 dvarrcptkc ikwdgtklei dnsecvrcmh cinvmpkalr pgtdtgatll igakapivqg
   241 ailssvlvpf
//
Uncultured sulfate-reducing bacterium clone R4 dissimilatory sulfite reductase (dsrA) gene, partial cds
GenBank: DQ903925.1
GenBank Graphics PopSet
>gi|115432175|gb|DQ903925.1| Uncultured sulfate-reducing bacterium clone R4 dissimilatory sulfite reductase (dsrA) gene, partial cds
GCCGGTTCTCGGATGTGCCGGAGCAATTTCCAGCAGCGGCCCATTTCCACACCATCCGTGTCAACCAGCC
ATCAGGCTGGTATTACACCACTGATGCCTTAAGGCAGTTGTATGACATCTGGGACAAGTACGGCTCAGGC
CTGACCAATATGCACGGCTCAACAGGTGATGCCGTATTCTTAGGCGCAGGCACCGATGAGTTAGAAGACA
TCTTCTGCGAGCTTTCCAAAGCAGAATGGGATTTAGGCGGCTCAGGCTCGGATGTGCGCACTCCCAGTTG
CTGCCTTGGTCCGTCCAGATGTGAATTTGCCTGCTACGACACCCTGGCCTTAACCTATGATTTGACCATG
ACCTACCAGGACGAGCTGCACAGACCGATCTTTCCATACAAATGGAAGTTCAAGATGGCTGGCTGTCCAA
ATGACTGCGTGGCCTCGATTGCCCGGTCTGATTTCTCTATCATTGGCACCTGGCGGGATGATATTCGTAT
TGACCACGATGCGGTAACCGAATATGCCGAAGCCGGCCTGGACATCAAGTTTGATGTTGCCCGCAGATGC
CCCACCAAGTGTATCAAATGGGATGGAACCAAGTTAGAGATTGACAACAGTGAGTGTGTCAGATGTATGC
ACTGCATTAATGTCATGCCTAAAGCCCTTCGTCCGGGCACTGACACCGGAGCTACTCTCTTGATTGGAGC
CAAGGCCCCCATTGTCCAGGGTGCAATTCTCTCTTCAGTCTTAGTGCCCTTTA

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2楼2013-08-07 13:36:39

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mmz123250

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-07 15:59:53

进入NCBI在线，输入dissimilatory sulfite reductase，选GENE。进入后，点相应的GI:标识的序列号，就会找到楼上的的信息。网上有很多查询目的基因序列的信息，多查查。

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3楼2013-08-07 14:07:02

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chboit

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引用回帖:

2楼: Originally posted by huanghznd at 2013-08-07 13:36:39
dissimilatory sulfite reductase
GenBank: ABI97365.1
FASTA Graphics
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LOCUS ABI97365 250 aa linear ENV 13-NOV-2008
DEFINITION dissimilatory sulfite redu ...

你好，我想问下你，我想通过已知的引物来找到目的基因可以吗？我把引物输入到primer blast里面但是没有结果出来，你能教教我么？