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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助目的基因全序列查询！
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chboit

新虫 (小有名气)

[交流] 求助目的基因全序列查询！ 已有4人参与

找了一天也找不到，目的基因是硫酸盐还原菌的脱硫基因dsrB（dissimilatory sulfite reductase），想找到它的全序列来做质粒合成，求帮助啊！！！！！Sample Text
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1楼 2013-08-06 20:19:45
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chboit

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huanghznd at 2013-08-07 13:36:39
dissimilatory sulfite reductase
GenBank: ABI97365.1
FASTA Graphics
Go to:
LOCUS       ABI97365                 250 aa            linear   ENV 13-NOV-2008
DEFINITION  dissimilatory sulfite redu ...

你好，我想问下你，我想通过已知的引物来找到目的基因可以吗？我把引物输入到primer blast里面但是没有结果出来，你能教教我么？
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4楼2013-08-12 11:22:53
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huanghznd

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+5, good! 2013-08-07 16:00:05
dissimilatory sulfite reductase [uncultured sulfate-reducing bacterium]
GenBank: ABI97365.1
FASTA Graphics
Go to:
LOCUS       ABI97365                 250 aa            linear   ENV 13-NOV-2008
DEFINITION  dissimilatory sulfite reductase, partial [uncultured
            sulfate-reducing bacterium].
ACCESSION   ABI97365
VERSION     ABI97365.1  GI:115432176
DBSOURCE    accession DQ903925.1
KEYWORDS    .
SOURCE      uncultured sulfate-reducing bacterium
  ORGANISM  uncultured sulfate-reducing bacterium
            Bacteria; environmental samples.
REFERENCE   1  (residues 1 to 250)
  AUTHORS   Chi Fru,E. and Athar,R.
  TITLE     In situ bacterial colonization of compacted bentonite under deep
            geological high-level radioactive waste repository conditions
  JOURNAL   Appl. Microbiol. Biotechnol. 79 (3), 499-510 (2008)
   PUBMED   18379777
REFERENCE   2  (residues 1 to 250)
  AUTHORS   Fru,E.C., Atha,R., O'Neill,A.H. and Pedersen,K.
  TITLE     Comparative 16S rRNA and dissimilatory sulfite reductase (DSR) gene
            characterization of sulfate-reducing prokaryotes in a deep granitic
            environment
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   3  (residues 1 to 250)
  AUTHORS   Fru,E.C., Atha,R., O'Neill,A.H. and Pedersen,K.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (16-AUG-2006) Cell and Molecular Biology, Microbiology,
            Gothenburg University, Box 462, Gothenburg 405 30, Sweden
COMMENT     Method: conceptual translation.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..250
                     /organism="uncultured sulfate-reducing bacterium"
                     /isolation_source="granitic aquifer"
                     /db_xref="taxon:153939"
                     /clone="R4"
                     /environmental_sample
     Protein         <1..>250
                     /product="dissimilatory sulfite reductase"
     Region          1..>250
                     /region_name="dsrA"
                     /note="sulfite reductase, dissimilatory-type alpha
                     subunit; TIGR02064"
                     /db_xref="CDD:211711"
     Region          16..74
                     /region_name="NIR_SIR_ferr"
                     /note="Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half
                     domain; pfam03460"
                     /db_xref="CDD:202646"
     CDS             1..250
                     /gene="dsrA"
                     /coded_by="DQ903925.1:<1..>753"
                     /codon_start=3
                     /transl_table=11
ORIGIN      
        1 rfsdvpeqfp aaahfhtirv nqpsgwyytt dalrqlydiw dkygsgltnm hgstgdavfl
       61 gagtdeledi fcelskaewd lggsgsdvrt pscclgpsrc efacydtlal tydltmtyqd
      121 elhrpifpyk wkfkmagcpn dcvasiarsd fsiigtwrdd iridhdavte yaeagldikf
      181 dvarrcptkc ikwdgtklei dnsecvrcmh cinvmpkalr pgtdtgatll igakapivqg
      241 ailssvlvpf
//
Uncultured sulfate-reducing bacterium clone R4 dissimilatory sulfite reductase (dsrA) gene, partial cds
GenBank: DQ903925.1
GenBank Graphics PopSet
>gi|115432175|gb|DQ903925.1| Uncultured sulfate-reducing bacterium clone R4 dissimilatory sulfite reductase (dsrA) gene, partial cds
GCCGGTTCTCGGATGTGCCGGAGCAATTTCCAGCAGCGGCCCATTTCCACACCATCCGTGTCAACCAGCC
ATCAGGCTGGTATTACACCACTGATGCCTTAAGGCAGTTGTATGACATCTGGGACAAGTACGGCTCAGGC
CTGACCAATATGCACGGCTCAACAGGTGATGCCGTATTCTTAGGCGCAGGCACCGATGAGTTAGAAGACA
TCTTCTGCGAGCTTTCCAAAGCAGAATGGGATTTAGGCGGCTCAGGCTCGGATGTGCGCACTCCCAGTTG
CTGCCTTGGTCCGTCCAGATGTGAATTTGCCTGCTACGACACCCTGGCCTTAACCTATGATTTGACCATG
ACCTACCAGGACGAGCTGCACAGACCGATCTTTCCATACAAATGGAAGTTCAAGATGGCTGGCTGTCCAA
ATGACTGCGTGGCCTCGATTGCCCGGTCTGATTTCTCTATCATTGGCACCTGGCGGGATGATATTCGTAT
TGACCACGATGCGGTAACCGAATATGCCGAAGCCGGCCTGGACATCAAGTTTGATGTTGCCCGCAGATGC
CCCACCAAGTGTATCAAATGGGATGGAACCAAGTTAGAGATTGACAACAGTGAGTGTGTCAGATGTATGC
ACTGCATTAATGTCATGCCTAAAGCCCTTCGTCCGGGCACTGACACCGGAGCTACTCTCTTGATTGGAGC
CAAGGCCCCCATTGTCCAGGGTGCAATTCTCTCTTCAGTCTTAGTGCCCTTTA
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2楼2013-08-07 13:36:39
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mmz123250

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-07 15:59:53
进入NCBI在线，输入dissimilatory sulfite reductase，选GENE。进入后，点相应的GI:标识的序列号，就会找到楼上的的信息。网上有很多查询目的基因序列的信息，多查查。
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3楼2013-08-07 14:07:02
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
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引用回帖:
4楼: Originally posted by chboit at 2013-08-12 11:22:53
你好，我想问下你，我想通过已知的引物来找到目的基因可以吗？我把引物输入到primer blast里面但是没有结果出来，你能教教我么？...

有没有选对物种呢？
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2013-08-12 17:03:43
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