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刘小皮爱喝奶

新虫 (初入文坛)

[求助] DGGE总是做不出来,求高手指点,急急急!!!

已经做了三次DGGE了,每次都是这样,真心不知道是什么原因,高手帮帮忙!!!
提取石油污染土壤总DNA,细菌通用引物Pcr扩增条带250bp左右,用的是8%的胶,梯度是40%和70%,80V跑了14h,请各位高手指点,问题到底出在哪?
DGGE总是做不出来,求高手指点,急急急!!!
2013-7-17 DGGE_副本.jpg
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刘小皮爱喝奶

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by mirror3895 at 2013-07-19 14:07:31
PCR产物不太好。我建议你先用16S通用引物扩出16S rDNA片段,再以此为模板,用GC夹引物扩增V3区,跑胶试试,也许这样会导致多样性有所减少,但是可以看看条带跑的怎么样,和之前的作个比较。这样的方法也有文献依据

这样的话会不会导致我DGGE做出的结果是不全的呢?我DGGE一直没做出来会不会是因为制胶出现了问题?
10楼2013-07-20 15:22:01
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枫叶丹

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
刘小皮爱喝奶(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-07-18 17:47:50
这个要从PCR看起,有时候要从提DNA看起,可能存在的问题很多,不好说
2楼2013-07-18 08:29:35
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
刘小皮爱喝奶(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-07-18 17:48:07
提取的总DNA质量怎么样?你是扩的V3区吗?引物5'端加GC夹了吗?扩增目的片段时PCR产物质量好不好?如楼上所说,这些只是前面可能会遇到的问题,还有很多其他影响因素。建议你把你的详细步骤说一下,才好帮助你的。
3楼2013-07-18 08:53:21
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lhf903

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
胶上都没条带,应该是前期PCR的问题~
4楼2013-07-18 11:36:07
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