应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助：DGGE新手，基本问题求助，请教各位高手
111/2返回列表12下一页
查看: 2193  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

年年年2011

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助：DGGE新手，基本问题求助，请教各位高手

各位大侠，才开始了解做DGGE，有些问题一直没明白，金币不多，但请多多指教啊，不甚感激！
背景：现在要分析一个未知环境的微生物多态，求其组成
我想请教下几个基本问题：
1.怎么在NCBI上查到细菌16S rDNA的所有通用引物？
2.通用引物最终选择哪一对呢？看到文献有很多对，各自的选择都不一样，一般选择根据什么依据呢？谢谢哈
3.怎么加GC序列，那个是自己用软件算吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-02-24 22:32:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

DGGE

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励热心应助 2012-04-01 17:37:11
年年年2011: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-03 10:33:49
引用回帖:
7楼: Originally posted by 年年年2011 at 2012-02-27 22:59:52:
恩，我打算先用这个扩全长，再用P0和P4扩V3区，只是不知道怎么算GC夹子，实在不行，就参考文献了

引物序列给你，直接在公司合成就可以。

细菌16S rDNA V3 region  194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-04-01 10:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

侯云hy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

GC 夹子一般加在引物5‘端，夹子的序列有几个通用的，你查下。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2012-06-12 11:10:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

firezhong

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
年年年2011(金币+1): ★有帮助 谢谢你的帮助 2012-02-25 09:12:28
16SrDNA的通用引物可以用P0和P6，我们这边都这个做的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-02-25 08:26:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

年年年2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by firezhong at 2012-02-25 08:26:15:
16SrDNA的通用引物可以用P0和P6，我们这边都这个做的。

我是分析食品，看到也有文献选择27F和1492R，341F和518R，这个是怎么选择呢，你们也是做食品吗。谢谢，还有能不能给出P0和P6的具体序列，谢谢了
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-25 09:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

年年年2011

铜虫 (小有名气)
求高手解答，急急急！感谢
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-25 16:51:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

firezhong

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

年年年2011(金币+1): ★有帮助 2012-02-27 23:01:13
27F和1492R就是P0和P6

我这边做微生物
应该其他引物也是可以测的
自己选一个做  测序是提供相同的引物就可以了
赞一下 回复此楼
5楼2012-02-27 08:24:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjzhb

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
年年年2011(金币+1): ★有帮助 2012-02-27 23:00:08
27F和1492R扩出来的PCR产物序列太长了吧？不适合做DGGE。
赞一下 回复此楼
6楼2012-02-27 10:41:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

年年年2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by tjzhb at 2012-02-27 10:41:05:
27F和1492R扩出来的PCR产物序列太长了吧？不适合做DGGE。

恩，我打算先用这个扩全长，再用P0和P4扩V3区，只是不知道怎么算GC夹子，实在不行，就参考文献了
赞一下 回复此楼
7楼2012-02-27 22:59:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

年年年2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by firezhong at 2012-02-27 08:24:21:
27F和1492R就是P0和P6

我这边做微生物
应该其他引物也是可以测的
自己选一个做  测序是提供相同的引物就可以了

恩，我是分析自然发酵食品，真菌你一般选择什么引物呢？
赞一下 回复此楼
8楼2012-02-27 23:01:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 年年年2011 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭