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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助：DGGE新手，基本问题求助，请教各位高手
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年年年2011

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助：DGGE新手，基本问题求助，请教各位高手

各位大侠，才开始了解做DGGE，有些问题一直没明白，金币不多，但请多多指教啊，不甚感激！
背景：现在要分析一个未知环境的微生物多态，求其组成
我想请教下几个基本问题：
1.怎么在NCBI上查到细菌16S rDNA的所有通用引物？
2.通用引物最终选择哪一对呢？看到文献有很多对，各自的选择都不一样，一般选择根据什么依据呢？谢谢哈
3.怎么加GC序列，那个是自己用软件算吗？
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1楼 2012-02-24 22:32:45
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

DGGE

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+2, 鼓励热心应助 2012-04-01 17:37:11
年年年2011: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-03 10:33:49
引用回帖:
7楼: Originally posted by 年年年2011 at 2012-02-27 22:59:52:
恩，我打算先用这个扩全长，再用P0和P4扩V3区，只是不知道怎么算GC夹子，实在不行，就参考文献了

引物序列给你，直接在公司合成就可以。

细菌16S rDNA V3 region  194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
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9楼2012-04-01 10:33:20
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侯云hy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

GC 夹子一般加在引物5‘端，夹子的序列有几个通用的，你查下。
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10楼2012-06-12 11:10:15
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普通回帖

firezhong

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
年年年2011(金币+1): ★有帮助 谢谢你的帮助 2012-02-25 09:12:28
16SrDNA的通用引物可以用P0和P6，我们这边都这个做的。
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2楼2012-02-25 08:26:15
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年年年2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by firezhong at 2012-02-25 08:26:15:
16SrDNA的通用引物可以用P0和P6，我们这边都这个做的。

我是分析食品，看到也有文献选择27F和1492R，341F和518R，这个是怎么选择呢，你们也是做食品吗。谢谢，还有能不能给出P0和P6的具体序列，谢谢了
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3楼2012-02-25 09:12:16
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年年年2011

铜虫 (小有名气)
求高手解答，急急急！感谢
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4楼2012-02-25 16:51:18
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firezhong

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

年年年2011(金币+1): ★有帮助 2012-02-27 23:01:13
27F和1492R就是P0和P6

我这边做微生物
应该其他引物也是可以测的
自己选一个做  测序是提供相同的引物就可以了
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5楼2012-02-27 08:24:21
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tjzhb

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
年年年2011(金币+1): ★有帮助 2012-02-27 23:00:08
27F和1492R扩出来的PCR产物序列太长了吧？不适合做DGGE。
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6楼2012-02-27 10:41:05
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年年年2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by tjzhb at 2012-02-27 10:41:05:
27F和1492R扩出来的PCR产物序列太长了吧？不适合做DGGE。

恩，我打算先用这个扩全长，再用P0和P4扩V3区，只是不知道怎么算GC夹子，实在不行，就参考文献了
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7楼2012-02-27 22:59:52
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年年年2011

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by firezhong at 2012-02-27 08:24:21:
27F和1492R就是P0和P6

我这边做微生物
应该其他引物也是可以测的
自己选一个做  测序是提供相同的引物就可以了

恩，我是分析自然发酵食品，真菌你一般选择什么引物呢？
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8楼2012-02-27 23:01:07
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