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年年年2011

铜虫 (小有名气)

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[求助] 求助：DGGE新手，基本问题求助，请教各位高手

各位大侠，才开始了解做DGGE，有些问题一直没明白，金币不多，但请多多指教啊，不甚感激！
背景：现在要分析一个未知环境的微生物多态，求其组成
我想请教下几个基本问题：
1.怎么在NCBI上查到细菌16S rDNA的所有通用引物？
2.通用引物最终选择哪一对呢？看到文献有很多对，各自的选择都不一样，一般选择根据什么依据呢？谢谢哈
3.怎么加GC序列，那个是自己用软件算吗？

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1楼2012-02-24 22:32:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

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DGGE

新虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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西瓜: 金币+2, 鼓励热心应助 2012-04-01 17:37:11
年年年2011: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-03 10:33:49

引用回帖:

7楼: Originally posted by 年年年2011 at 2012-02-27 22:59:52:
恩，我打算先用这个扩全长，再用P0和P4扩V3区，只是不知道怎么算GC夹子，实在不行，就参考文献了

引物序列给你，直接在公司合成就可以。

细菌16S rDNA V3 region 194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG GGA GGC AGC AG-3