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年年年2011

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助:DGGE新手,基本问题求助,请教各位高手

各位大侠,才开始了解做DGGE,有些问题一直没明白,金币不多,但请多多指教啊,不甚感激!
背景:现在要分析一个未知环境的微生物多态,求其组成
我想请教下几个基本问题:
1.怎么在NCBI上查到细菌16S rDNA的所有通用引物?
2.通用引物最终选择哪一对呢?看到文献有很多对,各自的选择都不一样,一般选择根据什么依据呢?谢谢哈
3.怎么加GC序列,那个是自己用软件算吗?
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年年年2011

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by firezhong at 2012-02-27 08:24:21:
27F和1492R就是P0和P6

我这边做微生物
应该其他引物也是可以测的
自己选一个做  测序是提供相同的引物就可以了

恩,我是分析自然发酵食品,真菌你一般选择什么引物呢?
8楼2012-02-27 23:01:07
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firezhong

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
年年年2011(金币+1): 有帮助 谢谢你的帮助 2012-02-25 09:12:28
16SrDNA的通用引物可以用P0和P6,我们这边都这个做的。
2楼2012-02-25 08:26:15
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年年年2011

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by firezhong at 2012-02-25 08:26:15:
16SrDNA的通用引物可以用P0和P6,我们这边都这个做的。

我是分析食品,看到也有文献选择27F和1492R,341F和518R,这个是怎么选择呢,你们也是做食品吗。谢谢,还有能不能给出P0和P6的具体序列,谢谢了
3楼2012-02-25 09:12:16
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年年年2011

铜虫 (小有名气)

求高手解答,急急急!感谢
4楼2012-02-25 16:51:18
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