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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】向各位高手请教一个奇怪的问题
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【求助】向各位高手请教一个奇怪的问题 已有10人参与

各位高手你们好：

我有一台服务器，完全归我用，别人肯定不会给我的数据造成破坏，不论是计算文件还是tmp文件。
但是我现在计算一个com文件，屡次出现这种情况：没有任何错误提示，在完全正常的运行情况下，突然自己断掉。
看看log文件的结尾，是很正常的运行状态
看看top，Gauss进程却已经消失
近来多次出现这种情况。如果是硬盘不足，或者scf不收敛，那肯定有错误提示啊。现在却一点错误提示都没有。

比如这次：这是一个td计算
文件最后出现了这样的字符
CISAX:  IP=  8 NPass=   1 NMax=  42.
CISAX will form  42 AO SS matrices at one time.
NMat= 42 NSing= 42.
这些字符是很正常的，高斯告诉我即将进行下一次迭代，然后，任务就断掉了。
诡异的很……请问各位高手，这会是什么问题呢？怎么解决呢？

电脑：8核心16G内存500G硬盘塔式服务器
系统：CentOS 4.0
软件：Gaussian03 D01版。为高斯专门建了一个用户，安装在这个用户中的软件只有高斯

大家觉得会是什么原因呢？谁帮我解决这个问题，我甘愿赠送一千金币给他。

非常感谢大家！谢谢

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-23 at 15:49 ]
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1楼 2010-06-23 15:48:19
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你的任务是怎么交上去的啊？被系统杀掉的？
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2楼2010-06-23 15:59:30
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不涉及保密的话，把输入文件贴上来测试一下吧。我的硬件环境与你差不多，呵呵……
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3楼2010-06-23 16:00:27
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2010-06-23 16:00:27:
不涉及保密的话，把输入文件贴上来测试一下吧。我的硬件环境与你差不多，呵呵……

额……如果我想保密，snoopyzhao大侠您会不会你鄙视我……
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4楼2010-06-23 16:02:58
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-06-23 16:02:58:

额……如果我想保密，snoopyzhao大侠您会不会你鄙视我……

这很正常，因为 gaussian 输入文件中的确有太多的信息了，呵呵……
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5楼2010-06-23 16:03:51
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+5):非常感谢您！！ 2010-06-23 16:08:54
你这样吧，登录到工作站后，开 screen，然后在 screen 环境下运行你的任务，不要交到后台。ctrl + a + d 退出 screen。退出登录。如果发现问题，登录，screen -r 恢复上次的 screen，看看有没有提示。
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6楼2010-06-23 16:05:56
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2010-06-23 15:59:30:
你的任务是怎么交上去的啊？被系统杀掉的？

我能提供给snoopyzhao大侠的信息是
我通过in文件来进行批处理提交任务（我毕竟太懒了，呵呵，自己专用的机器，居然还要批命令，我师兄嘲笑了我n次了）
我出现这种问题总是发生在用in文件提交批命令的时候
如果不用这种批命令提交方式的话，倒是没遇到过这种问题

这次出现问题的in文件内容如下
nohup g03 AAAA-td.com AAAA-td.log
rm /tmp/*.*
nohup g03 AAAB-td.com AAAB-td.log
rm /tmp/*.*
nohup g03 AABB-freq.com AABB-freq.log
rm /tmp/*.*

第二个计算任务（就是那个AAAB）莫名其妙的断掉之后，第三个任务随即开始了正常的运行……然后正常结束了

我提交批命令的方式是sh xxx.in &

非常感谢snoopyzhao

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-23 at 16:10 ]
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7楼2010-06-23 16:06:31
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4):谢谢……会不会是nohup缓冲池的问题…… 2010-06-23 16:11:54
我一般借助于 screen 进行批处理，这样不需要 nohup....
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8楼2010-06-23 16:09:19
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3):呵呵，那谢谢赵先生啦。我也开始接触screen吧，嗯，向赵先生学习！ 2010-06-23 16:21:03
俺就没有用过 nohup，所以不清楚，俺最喜欢 screen 了
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9楼2010-06-23 16:19:50
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+5):谢谢 2010-06-23 16:27:05
如果你习惯了用 nohup，可以再仔细看一下 nohup 的 man page，当然，不同的 shell 可能会有不同的实现……

这里从网上搜了一个，你可以看看，对你有没有帮助：

nohup

No Hang Up. Run a command immune to hangups, runs the given command with hangup signals ignored, so that the command can continue running in the background after you log out.

SYNTAX
      nohup Command [Arg]...

`nohup' increases the scheduling priority of COMMAND by 5, this gives a slightly lower priority.

If standard output is a terminal, it and standard error are redirected so that they are appended to the file `nohup.out'; if that cannot be written to, they are appended to the file `$HOME/nohup.out'. If that cannot be written to, the command is not run.

If `nohup' creates either `nohup.out' or `$HOME/nohup.out', it creates it with no "group" or "other" access permissions. It does not change the permissions if the output file already existed.

`nohup' does not automatically put the command it runs in the background; you must do that explicitly, by ending the command line with an `&'.
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10楼2010-06-23 16:24:17
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