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lingling1988

铜虫 (初入文坛)

[求助] AFLP——聚丙烯酰胺凝胶电泳

最近我用得到的双酶切产物做了连接、预扩和选扩,然后跑了一下变性胶,模板是相同的,第一个和最后一个都是MARKER(图中看到的两条带是50bp和100bp),中间是24对不同的引物组合跑出的条带。得到的结果如下图,麻烦帮忙分析一下这次AFLP存在什么问题。谢谢~
AFLP——聚丙烯酰胺凝胶电泳
变性胶.jpg
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lingling1988

铜虫 (初入文坛)

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:05
引用回帖:
5楼: Originally posted by shucanwei at 2013-06-18 00:29:27
建议你把大体的实验步骤说一说,
胶的浓度,显影步骤等......

没有银染,引物是加过荧光标记的,直接在Li-cor 4300遗传分析仪上跑胶,在跑的过程中条带直接在程序中展现。这个胶是8%聚的丙酰胺变性胶
6楼2013-06-18 07:45:01
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lingling1988

铜虫 (初入文坛)

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:13
引用回帖:
7楼: Originally posted by shucanwei at 2013-06-19 00:31:37
高级啊......
我还是用银染啊......
但是我看你这个条带怎么那么少啊?
你的DNA是用那个完整性好的吗?
请你把预扩增的产物的电泳图和选扩的琼脂糖电泳图都上来看一下吧......
怀疑是模板问题啊,怎么这么少带 ...

这个是我跑的琼脂糖,第一个是10000的marker,第二个是我的基因组DNA,第三个是连接产物,第四个是稀释10倍的连接产物,第五个是预扩产物,我的选扩产物都直接加试剂盒中的stop buffer了所以不能用来跑琼脂糖了.t因为我点样的时候加的产物有点少,所以条带都挺淡的,你只能凑合着看了
AFLP——聚丙烯酰胺凝胶电泳-1
1.jpg

8楼2013-06-19 21:49:21
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lingling1988

铜虫 (初入文坛)

★ ★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:21
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:57:19
引用回帖:
10楼: Originally posted by shucanwei at 2013-06-20 00:32:54
想传一张预扩增的图片给你看看,但是上传不了啊

这个就是我用人家试剂盒里预扩产物稀释40倍后做选扩跑出来的图。这么一看,我的模板跑出来的图真的是差太远了,哎,看来还得看看DNA质量和双酶切体系了。但是双酶切产物跑出那个样子会是什么原因呢?
AFLP——聚丙烯酰胺凝胶电泳-2
1.jpg

12楼2013-06-21 17:03:54
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lingling1988

铜虫 (初入文坛)

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:57:32
接头是试剂盒里的。那我再用新提取的DNA试一下吧,谢谢啦~
14楼2013-06-22 08:50:35
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普通回帖

shucanwei

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

图片看不清,上原图吧
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
2楼2013-06-16 15:29:29
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lingling1988

铜虫 (初入文坛)

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by shucanwei at 2013-06-16 15:29:29
图片看不清,上原图吧

这次传了两张,你看看清楚不。这两个是同一批选扩产物,只是一个是第一天跑的胶,一个是第三天跑的
AFLP——聚丙烯酰胺凝胶电泳-3
1.jpg


AFLP——聚丙烯酰胺凝胶电泳-4
2.jpg

3楼2013-06-17 12:48:00
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shucanwei

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:37
你是银染吗?怎么黑白那样子的?
而且条带数不多啊......
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
4楼2013-06-18 00:28:26
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shucanwei

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:43
建议你把大体的实验步骤说一说,
胶的浓度,显影步骤等......
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
5楼2013-06-18 00:29:27
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shucanwei

木虫 (正式写手)

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137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:50
引用回帖:
6楼: Originally posted by lingling1988 at 2013-06-18 07:45:01
没有银染,引物是加过荧光标记的,直接在Li-cor 4300遗传分析仪上跑胶,在跑的过程中条带直接在程序中展现。这个胶是8%聚的丙酰胺变性胶...

高级啊......
我还是用银染啊......
但是我看你这个条带怎么那么少啊?
你的DNA是用那个完整性好的吗?
请你把预扩增的产物的电泳图和选扩的琼脂糖电泳图都上来看一下吧......
怀疑是模板问题啊,怎么这么少带啊......
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
7楼2013-06-19 00:31:37
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shucanwei

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:56:56
你这个图片我看起来有点问题,主要是你的预扩增产物,预扩增产物一般不会弥散得那么大的啊,我要2%琼脂糖跑的时候,挺亮的啊,5ul上样。
你的基因组质量一般吧,但是浓度,OD值好的话,酶切也是没有问题的。
连接产物一般是电泳看不到的。
你的预扩增感觉不对.......太淡了.....应该是比较浓的。
连接产物取多少去跑预扩增啊?
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
9楼2013-06-20 00:25:18
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shucanwei

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-27 21:57:02
想传一张预扩增的图片给你看看,但是上传不了啊
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
10楼2013-06-20 00:32:54
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