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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fjreading

新虫 (小有名气)

[求助] autodock对接时蛋白的处理问题

用autodock进行对接,蛋白是从PDB网站上下载下来的,但是这种蛋白经常是不完整的,或者是二聚体之类的,想问一下如何将其处理成单链,如何将残基不全。另外有没有同学有autodock比较详细的原理及操作的教程,如果有的话,能不能分享一下,不胜感激!
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longytu

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【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-06-17 21:41:10
你好,关于第一点,为何不建议补全缺失残基呢,或者补全残基有什么影响么?...

如果这些残基不在活性中心,这些残基对结构没影响或者对模拟没有影响;如果在活性中心的话,那就有意思了,做晶体结构的为啥把这些残基删除了?
6楼2013-06-18 08:33:32
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longytu

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fjreading: 金币+5, 有帮助 2013-05-10 09:26:17
1:如果有晶体结构,且活性中心也有配体的话,不建议补全残基
2:如果确实想补全残基,用modeller同源建模解决,但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3:处理成单链简单,用pymol或者adt直接删除不必要的亚基和水分子等
2楼2013-05-09 11:15:46
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fjreading

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-05-09 11:15:46
1:如果有晶体结构,且活性中心也有配体的话,不建议补全残基
2:如果确实想补全残基,用modeller同源建模解决,但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3:处理成单链简单,用pymol或者adt直接删除不必要的亚基 ...

但是如果是在活性中心的话,那残基不是必须补全么?
3楼2013-05-10 09:26:10
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longytu

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【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fjreading at 2013-05-10 09:26:10
但是如果是在活性中心的话,那残基不是必须补全么?...

那你应该确定缺失的残基一定在活性中心,通过氨基酸突变后,测定酶或者蛋白的活性!确定在活性中心了,然后建模补全氨基酸 残基
4楼2013-05-10 10:51:26
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