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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接时蛋白的处理问题
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fjreading

新虫 (小有名气)

[求助] autodock对接时蛋白的处理问题

用autodock进行对接，蛋白是从PDB网站上下载下来的，但是这种蛋白经常是不完整的，或者是二聚体之类的，想问一下如何将其处理成单链，如何将残基不全。另外有没有同学有autodock比较详细的原理及操作的教程，如果有的话，能不能分享一下，不胜感激！
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1楼2013-05-08 19:54:23
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-06-17 21:41:10
你好，关于第一点，为何不建议补全缺失残基呢，或者补全残基有什么影响么？...

如果这些残基不在活性中心，这些残基对结构没影响或者对模拟没有影响；如果在活性中心的话，那就有意思了，做晶体结构的为啥把这些残基删除了？
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6楼2013-06-18 08:33:32
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longytu

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fjreading: 金币+5, ★有帮助 2013-05-10 09:26:17
1：如果有晶体结构，且活性中心也有配体的话，不建议补全残基
2：如果确实想补全残基，用modeller同源建模解决，但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3：处理成单链简单，用pymol或者adt直接删除不必要的亚基和水分子等
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2楼2013-05-09 11:15:46
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fjreading

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-05-09 11:15:46
1：如果有晶体结构，且活性中心也有配体的话，不建议补全残基
2：如果确实想补全残基，用modeller同源建模解决，但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3：处理成单链简单，用pymol或者adt直接删除不必要的亚基 ...

但是如果是在活性中心的话，那残基不是必须补全么？
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3楼2013-05-10 09:26:10
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fjreading at 2013-05-10 09:26:10
但是如果是在活性中心的话，那残基不是必须补全么？...

那你应该确定缺失的残基一定在活性中心，通过氨基酸突变后，测定酶或者蛋白的活性！确定在活性中心了，然后建模补全氨基酸 残基
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4楼2013-05-10 10:51:26
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