应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接时蛋白的处理问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 2820  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fjreading

新虫 (小有名气)

[求助] autodock对接时蛋白的处理问题

用autodock进行对接，蛋白是从PDB网站上下载下来的，但是这种蛋白经常是不完整的，或者是二聚体之类的，想问一下如何将其处理成单链，如何将残基不全。另外有没有同学有autodock比较详细的原理及操作的教程，如果有的话，能不能分享一下，不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

药物设计相关

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-08 19:54:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fjreading: 金币+5, ★有帮助 2013-05-10 09:26:17
1：如果有晶体结构，且活性中心也有配体的话，不建议补全残基
2：如果确实想补全残基，用modeller同源建模解决，但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3：处理成单链简单，用pymol或者adt直接删除不必要的亚基和水分子等
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-09 11:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fjreading

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-05-09 11:15:46
1：如果有晶体结构，且活性中心也有配体的话，不建议补全残基
2：如果确实想补全残基，用modeller同源建模解决，但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3：处理成单链简单，用pymol或者adt直接删除不必要的亚基 ...

但是如果是在活性中心的话，那残基不是必须补全么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-10 09:26:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fjreading at 2013-05-10 09:26:10
但是如果是在活性中心的话，那残基不是必须补全么？...

那你应该确定缺失的残基一定在活性中心，通过氨基酸突变后，测定酶或者蛋白的活性！确定在活性中心了，然后建模补全氨基酸 残基
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-10 10:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2013-06-17 21:41:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-06-17 21:41:10
你好，关于第一点，为何不建议补全缺失残基呢，或者补全残基有什么影响么？...

如果这些残基不在活性中心，这些残基对结构没影响或者对模拟没有影响；如果在活性中心的话，那就有意思了，做晶体结构的为啥把这些残基删除了？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-06-18 08:33:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

HMote

新虫 (初入文坛)
同求，请问问题解决了吗
赞一下 回复此楼
7楼2016-01-14 18:43:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fjreading 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +13 新时代材料 2026-03-27 13/650 2026-03-29 01:16 by 544594351
[考研] 学硕274求调剂 +9 Li李鱼 2026-03-26 9/450 2026-03-28 21:42 by bymhappy
[考研] 322求调剂 +5 旧吢 2026-03-24 5/250 2026-03-28 13:26 by Iveryant
[考研] 药学105500求调剂 +3 Ssun。。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 11:24 by lxf170613
[考研] 339求调剂，想调回江苏 +6 烤麦芽 2026-03-27 8/400 2026-03-28 10:40 by 烤麦芽
[考研] 材料与化工考研调剂 +17 孅華 2026-03-22 17/850 2026-03-28 08:35 by WYUMater
[考研] 311求调剂 +3 希望上岸阿小杨 2026-03-23 3/150 2026-03-28 07:57 by 热情沙漠
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 求调剂 +8 张zz111 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:41 by fmesaito
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[论文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 Russ_ss 2026-03-25 5/250 2026-03-27 10:49 by 陆小果画大饼
[考研] 一志愿吉大071010，316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +4 allen-yin 2026-03-23 6/300 2026-03-23 15:04 by 汪！？！
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭