应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接时蛋白的处理问题
71/1返回列表
查看: 3118  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fjreading

新虫 (小有名气)

[求助] autodock对接时蛋白的处理问题

用autodock进行对接，蛋白是从PDB网站上下载下来的，但是这种蛋白经常是不完整的，或者是二聚体之类的，想问一下如何将其处理成单链，如何将残基不全。另外有没有同学有autodock比较详细的原理及操作的教程，如果有的话，能不能分享一下，不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

药物设计相关

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-08 19:54:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fjreading: 金币+5, ★有帮助 2013-05-10 09:26:17
1：如果有晶体结构，且活性中心也有配体的话，不建议补全残基
2：如果确实想补全残基，用modeller同源建模解决，但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3：处理成单链简单，用pymol或者adt直接删除不必要的亚基和水分子等
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-09 11:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fjreading

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-05-09 11:15:46
1：如果有晶体结构，且活性中心也有配体的话，不建议补全残基
2：如果确实想补全残基，用modeller同源建模解决，但是后续要考虑做分子动力学优化模型结构
3：处理成单链简单，用pymol或者adt直接删除不必要的亚基 ...

但是如果是在活性中心的话，那残基不是必须补全么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-10 09:26:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by fjreading at 2013-05-10 09:26:10
但是如果是在活性中心的话，那残基不是必须补全么？...

那你应该确定缺失的残基一定在活性中心，通过氨基酸突变后，测定酶或者蛋白的活性！确定在活性中心了，然后建模补全氨基酸 残基
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-10 10:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2013-06-17 21:41:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2013-06-17 21:41:10
你好，关于第一点，为何不建议补全缺失残基呢，或者补全残基有什么影响么？...

如果这些残基不在活性中心，这些残基对结构没影响或者对模拟没有影响；如果在活性中心的话，那就有意思了，做晶体结构的为啥把这些残基删除了？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-06-18 08:33:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

HMote

新虫 (初入文坛)
同求，请问问题解决了吗
赞一下 回复此楼
7楼2016-01-14 18:43:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fjreading 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 3/150 2026-08-22 22:03 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-22 21:54 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +3 简单化xn 2026-08-22 7/350 2026-08-22 19:46 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭