应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题
141/2返回列表12下一页
查看: 1944  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

smy897579

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题

本人是做基因工程的，想问问各位，如果我通过基因技术合成了一种全新的酶，我可以通过分子模拟的什么技术进行下一步研究，可以发影响因子较高的文章呢，我对分子模拟不是很清楚，希望大家多指点，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-26 09:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:25
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

smy897579
6楼2013-04-29 09:30:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:11
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-28 09:11:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-04-28 09:11:24
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的

哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-28 13:25:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhengpc3505

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-28 13:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hello1232926

新虫 (初入文坛)
计算和实验合作能发好的文章
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-29 01:53:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-04-29 09:30:45
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵 ...

谢谢你的建议哦，感觉挺好的，我会好好学习的，有不会的再找你联系，共同探讨，谢谢你的帮助。
赞一下 回复此楼
7楼2013-05-01 08:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hello1232926 at 2013-04-29 01:53:32
计算和实验合作能发好的文章

谢谢你的鼓励。想着容易做着难。
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-01 08:39:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhengpc3505 at 2013-04-28 13:58:39
做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做...

我会尝试一下的。谢谢你的建议。
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-01 08:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

看了下帖子，已经有人回复你了，其实最简单的就是用Gaussian来计算催化机理，但是那位同学说的ONIOM方法吧，确实对于研究机理是个不错的选择，不过你是做实验的，再去学习这个似乎有点麻烦，因为你的是以实验为主，我倒是觉得你直接用cluster models就好，能说明问题就行了~
赞一下 回复此楼
10楼2013-05-02 10:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 smy897579 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕306英一数二 +6 z1z2z3879 2026-03-16 8/400 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +6 SUICHILD 2026-03-12 6/300 2026-03-17 09:24 by 雾散后相遇lc
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 5/250 2026-03-17 06:56 by Muziwl
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 5/250 2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:06 by ruiyingmiao
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭