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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题
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smy897579

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题

本人是做基因工程的，想问问各位，如果我通过基因技术合成了一种全新的酶，我可以通过分子模拟的什么技术进行下一步研究，可以发影响因子较高的文章呢，我对分子模拟不是很清楚，希望大家多指点，谢谢。
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1楼 2013-04-26 09:52:14
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:25
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵。
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smy897579
6楼2013-04-29 09:30:45
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普通回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:11
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的
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2楼2013-04-28 09:11:24
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-04-28 09:11:24
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的

哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。
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3楼2013-04-28 13:25:28
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zhengpc3505

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做
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4楼2013-04-28 13:58:39
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hello1232926

新虫 (初入文坛)
计算和实验合作能发好的文章
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5楼2013-04-29 01:53:32
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smy897579

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-04-29 09:30:45
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵 ...

谢谢你的建议哦，感觉挺好的，我会好好学习的，有不会的再找你联系，共同探讨，谢谢你的帮助。
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7楼2013-05-01 08:38:34
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hello1232926 at 2013-04-29 01:53:32
计算和实验合作能发好的文章

谢谢你的鼓励。想着容易做着难。
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8楼2013-05-01 08:39:07
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhengpc3505 at 2013-04-28 13:58:39
做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做...

我会尝试一下的。谢谢你的建议。
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9楼2013-05-01 08:41:16
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

看了下帖子，已经有人回复你了，其实最简单的就是用Gaussian来计算催化机理，但是那位同学说的ONIOM方法吧，确实对于研究机理是个不错的选择，不过你是做实验的，再去学习这个似乎有点麻烦，因为你的是以实验为主，我倒是觉得你直接用cluster models就好，能说明问题就行了~
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10楼2013-05-02 10:25:05
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