应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题
141/2返回列表12下一页
查看: 2312  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

smy897579

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题

本人是做基因工程的，想问问各位，如果我通过基因技术合成了一种全新的酶，我可以通过分子模拟的什么技术进行下一步研究，可以发影响因子较高的文章呢，我对分子模拟不是很清楚，希望大家多指点，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-26 09:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:25
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

smy897579
6楼2013-04-29 09:30:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-29 15:09:11
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-28 09:11:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-04-28 09:11:24
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的

哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-28 13:25:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhengpc3505

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-28 13:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hello1232926

新虫 (初入文坛)
计算和实验合作能发好的文章
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-29 01:53:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-04-29 09:30:45
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵 ...

谢谢你的建议哦，感觉挺好的，我会好好学习的，有不会的再找你联系，共同探讨，谢谢你的帮助。
赞一下 回复此楼
7楼2013-05-01 08:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hello1232926 at 2013-04-29 01:53:32
计算和实验合作能发好的文章

谢谢你的鼓励。想着容易做着难。
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-01 08:39:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhengpc3505 at 2013-04-28 13:58:39
做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做...

我会尝试一下的。谢谢你的建议。
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-01 08:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by smy897579 at 2013-04-28 13:25:28
哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。...

看了下帖子，已经有人回复你了，其实最简单的就是用Gaussian来计算催化机理，但是那位同学说的ONIOM方法吧，确实对于研究机理是个不错的选择，不过你是做实验的，再去学习这个似乎有点麻烦，因为你的是以实验为主，我倒是觉得你直接用cluster models就好，能说明问题就行了~
赞一下 回复此楼
10楼2013-05-02 10:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 smy897579 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭