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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题
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smy897579

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助关于初学者研究蛋白质模拟的问题

本人是做基因工程的，想问问各位，如果我通过基因技术合成了一种全新的酶，我可以通过分子模拟的什么技术进行下一步研究，可以发影响因子较高的文章呢，我对分子模拟不是很清楚，希望大家多指点，谢谢。
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1楼 2013-04-26 09:52:14
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shengxiang at 2013-04-28 09:11:24
至于做什么研究的话我觉得应该是看你的这个酶能起什么作用吧，能研究的东西其实挺多的，构象变化啊，抑制剂作用啊，反应机理啊什么什么的，很多的

哦，我可能没说清楚，这个酶是我所研究的代谢途径中的关键酶--醛脱氢酶，请多指点。反应机理的研究应该用什么软件呢，求推荐。
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3楼2013-04-28 13:25:28
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smy897579

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-04-29 09:30:45
先找到你的酶的氨基酸序列，用spdViewer等分子模拟软件构建出蛋白质模型，再优化，找到跟它作用的配体，像底物，辅因子等等，最后用Autodock软件进行分子对接,就可以了解其作用机理了，不过我也是这方面的新手，呵呵 ...

谢谢你的建议哦，感觉挺好的，我会好好学习的，有不会的再找你联系，共同探讨，谢谢你的帮助。
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7楼2013-05-01 08:38:34
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hello1232926 at 2013-04-29 01:53:32
计算和实验合作能发好的文章

谢谢你的鼓励。想着容易做着难。
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8楼2013-05-01 08:39:07
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhengpc3505 at 2013-04-28 13:58:39
做反应机理的话，GAUSSIAN就可以做，用ONIOM方法来做...

我会尝试一下的。谢谢你的建议。
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9楼2013-05-01 08:41:16
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by shengxiang at 2013-05-02 10:25:05
看了下帖子，已经有人回复你了，其实最简单的就是用Gaussian来计算催化机理，但是那位同学说的ONIOM方法吧，确实对于研究机理是个不错的选择，不过你是做实验的，再去学习这个似乎有点麻烦，因为你的是以实验为主， ...

谢谢，很感谢你考虑到我是以实验为主的，对于分子模拟实在是力不从心，希望你能再给我一些引导，cluster models是个软件吗？能否给我一份我需要用到的软件和使用说明之类呢，谢谢。
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11楼2013-05-07 10:57:34
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smy897579

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by shengxiang at 2013-05-11 10:53:30
Biochemistry,2011,50,1505;
J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5817-5831.
Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 4563-4567
Chem. Eur. J. 2011,17, 704-713

麻烦你，能把这几篇文章发到我的邮箱里吗？smy897579@163.com谢谢
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14楼2013-07-23 21:38:54
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