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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 317.5
散金: 25
红花: 1
帖子: 165
在线: 100.2小时
虫号: 2003040
注册: 2012-09-15
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

[求助] 怎么样可以确定pdb文件疏水性？

如提，怎么样可以确定pdb文件疏水性？我做完动力学模拟，怎么样确定其疏水性能的大小？可以统计出表面氨基酸的亲疏水性质吗？需要用什么方法？

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滴答

1楼2013-04-17 20:06:09

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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1695.4
帖子: 34
在线: 116.5小时
虫号: 1340872
注册: 2011-07-08
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-27 17:07:14

亲疏水性可以利用Discovery显示亲水性与疏水性；

3楼2013-04-27 17:02:41

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

模拟EPI: 6
应助: 487 (硕士)
贵宾: 0.501
金币: 14945
散金: 6107
红花: 74
帖子: 3750
在线: 1129.1小时
虫号: 1108016
注册: 2010-09-26
性别: GG
专业: 流体力学
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

氨基酸的亲疏水性能是确定的吧，你把你的PDB文件导入到VMD，直接选择疏水的残基即可显示：

2楼2013-04-17 21:15:27

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