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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 一个拼接序列分别在NCBI(限定拟南芥)和TAIR10中Blast时结果为何不一样?

请教一个问题:
通过EST测序得到一个拼接序列,用ORF Finder预测启动和终止密码子后,取CDS分别在NCBI(限定拟南芥)和TAIR10中Blast时结果为何不一样?E值最高的那个不同,那么注释的基因就不一样。是什么原因啊?比对的这个物种亲缘关系近的研究的都很少,涉及的是糖类合成调控的,所以用拟南芥比对。
谢谢了!
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新十八子
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
vegetking(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,鼓励应助,分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-04-12 08:33:16
你预测的开放阅读框有几个?应该不只一个吧,你选取的比对的那个是哪个?是否拟选取的那个ORF不是那个基因的ORF。。。
生物化学与分子生物学
2楼2013-04-10 10:04:44
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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)

是同一个ORF,分别在NCBI和TAIR10中,结果不一样啊!
新十八子
3楼2013-04-11 22:36:32
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