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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 一个拼接序列分别在NCBI（限定拟南芥）和TAIR10中Blast时结果为何不一样？
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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 一个拼接序列分别在NCBI（限定拟南芥）和TAIR10中Blast时结果为何不一样？

请教一个问题：
通过EST测序得到一个拼接序列，用ORF Finder预测启动和终止密码子后，取CDS分别在NCBI（限定拟南芥）和TAIR10中Blast时结果为何不一样？E值最高的那个不同，那么注释的基因就不一样。是什么原因啊？比对的这个物种亲缘关系近的研究的都很少，涉及的是糖类合成调控的，所以用拟南芥比对。
谢谢了！
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新十八子
1楼 2013-04-10 09:03:11
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
vegetking(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，鼓励应助，分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-04-12 08:33:16
你预测的开放阅读框有几个？应该不只一个吧，你选取的比对的那个是哪个？是否拟选取的那个ORF不是那个基因的ORF。。。
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生物化学与分子生物学
2楼2013-04-10 10:04:44
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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)
是同一个ORF，分别在NCBI和TAIR10中，结果不一样啊！
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新十八子
3楼2013-04-11 22:36:32
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