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你是我的幸福

新虫 (正式写手)

[求助] 急！急！急！对转录组测序结果进行验证，如何选定基因

急！急！急！转录组测序后，得到大量差异表达的基因，现在要对差异表达的基因做实时定量PCR验证，有点迷茫了，那么多差异表达的基因应该怎么选呢？
可以按以下原则选吗？
  1 差异表达的倍数，倍数越高越好
  2 p值和FDR值越小越好，有很多是0的，那是不是选2者值均为0的呢
  3 选择的基因是否要在两个样本中都表达呢？有的差异倍数很高，但是只在一个样本中表达，在另一个中表达量为0，这样的可以选择做验证吗？
有没有哪位大侠做过此类实验，请不吝赐教！
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1楼 2013-04-09 10:43:17
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macore

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
你是我的幸福(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，鼓励应助，分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-04-11 08:20:58
你是我的幸福: 金币+3, ★有帮助 2013-04-25 21:40:18
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-04 12:37:43
一般是采用以上标准，另外可以结合信号通路和基因功能。但是有时候不是差异倍数越高的越好。祝你好运啊
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2楼2013-04-10 21:46:50
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foreverlukel

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
你是我的幸福(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香。期待你的慷慨解囊。快乐每一天 2013-04-25 16:56:19
你是我的幸福: 金币+5, ★有帮助 2013-04-25 21:40:02
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-06-04 12:37:59
首先希望你不只是为了验证而验证，最好还有其他意义，这样就要看你选什么样的基因了。
其次你说的那些条件都算在挑选基因的原则，但只是最开始筛选基因的原则，等把基因找到了之后，也许这个基因都设计不出来合适的引物，所以可以找到基因后看看能不能按照实时定量引物设计原则设计出好的引物。
最后你说的在一个样本中表达，在另一个样本中表达，这不正是你想要的差异么，实时定量就是为了看他表达的动态过程。转录组测序得到的基因表达量只能作为参考，不能下定论，所以刚才你说的在另一个样本中不表达也是不一定的事，都要经过验证的。
祝楼主成功发表好文章！
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3楼2013-04-25 15:25:58
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sdynyam

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-04 12:38:16
你不可能把所有差异基因都验证的，只需要验证几条基因，把你从这些基因差异中得到的结论说清楚，你就已经是大师了。建议你先把GO和KEGG的聚类分析好好研究一下，看看里面跟你感兴趣的研究方向有关的基因是不是有差异，特别是KEGG，是个强大的数据库，从它的图上能得到很多信息。这个转录组的研究必须结合自己的研究方向，不可能全部的信息的都用上的，要能找到一个深入的研究。
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4楼2013-05-13 20:28:39
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大兔子1113

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sdynyam at 2013-05-13 20:28:39
你不可能把所有差异基因都验证的，只需要验证几条基因，把你从这些基因差异中得到的结论说清楚，你就已经是大师了。建议你先把GO和KEGG的聚类分析好好研究一下，看看里面跟你感兴趣的研究方向有关的基因是不是有差异 ...

您好！我也是做转录组测序，现在到荧光验证这一步了，但是一个基因对应了好几个序列，不知道应该挑选哪个序列来做验证啊？请问有没有什么准则之类的，求指教.
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5楼2013-06-04 10:49:06
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decry

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 大兔子1113 at 2013-06-04 10:49:06
您好！我也是做转录组测序，现在到荧光验证这一步了，但是一个基因对应了好几个序列，不知道应该挑选哪个序列来做验证啊？请问有没有什么准则之类的，求指教....

麻烦问下一个基因对应好几个序列是怎么回事，初涉这个方面，不吝赐教，谢谢
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6楼2013-06-27 17:22:23
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shucanwei

木虫 (正式写手)
验证就是做RT或者realtime吗？
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
7楼2013-06-30 08:51:22
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grape_vine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by foreverlukel at 2013-04-25 15:25:58
首先希望你不只是为了验证而验证，最好还有其他意义，这样就要看你选什么样的基因了。
其次你说的那些条件都算在挑选基因的原则，但只是最开始筛选基因的原则，等把基因找到了之后，也许这个基因都设计不出来合适的 ...

同意这个回复.同时建议多选一点.一般来说,验证的比例没你想的那么高哦!
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8楼2013-07-03 16:47:25
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bear2013

银虫 (初入文坛)
同意
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9楼2014-07-24 15:41:23
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蘑菇1

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by foreverlukel at 2013-04-25 15:25:58
首先希望你不只是为了验证而验证，最好还有其他意义，这样就要看你选什么样的基因了。
其次你说的那些条件都算在挑选基因的原则，但只是最开始筛选基因的原则，等把基因找到了之后，也许这个基因都设计不出来合适的 ...

你好！想问一下挑出来的基因只要把相关Unigene的碱基序列，进行荧光定量引物设计，在设计过程有没有什么需要考虑的？谢谢
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10楼2015-12-21 23:19:50
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