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你是我的幸福

新虫 (正式写手)

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[求助] 急！急！急！对转录组测序结果进行验证，如何选定基因

急！急！急！转录组测序后，得到大量差异表达的基因，现在要对差异表达的基因做实时定量PCR验证，有点迷茫了，那么多差异表达的基因应该怎么选呢？
可以按以下原则选吗？
  1 差异表达的倍数，倍数越高越好
  2 p值和FDR值越小越好，有很多是0的，那是不是选2者值均为0的呢
  3 选择的基因是否要在两个样本中都表达呢？有的差异倍数很高，但是只在一个样本中表达，在另一个中表达量为0，这样的可以选择做验证吗？
有没有哪位大侠做过此类实验，请不吝赐教！

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1楼2013-04-09 10:43:17

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sdynyam

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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专业: 植物遗传学

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-04 12:38:16

你不可能把所有差异基因都验证的，只需要验证几条基因，把你从这些基因差异中得到的结论说清楚，你就已经是大师了。建议你先把GO和KEGG的聚类分析好好研究一下，看看里面跟你感兴趣的研究方向有关的基因是不是有差异，特别是KEGG，是个强大的数据库，从它的图上能得到很多信息。这个转录组的研究必须结合自己的研究方向，不可能全部的信息的都用上的，要能找到一个深入的研究。

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4楼2013-05-13 20:28:39

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