| 查看: 2173 | 回复: 0 | ||
[求助]
NCBI上Blast问题
|
|
我把自己做的一个PCR产物连到pMD19-T克隆载体中,然后提取质粒在华大基因测序,测序结果成功,没出现什么问题。之后,我分析测序结果,将载体上的序列去掉,只剩下422bp插入子的序列。 将422bp序列在NCBI上Blast,起初选的是Somewhat similar sequences (blastn)这一项,出来很多条,有很多都不是我们做的物种的,我们做的是植物的,却出来很多动物的。选择Highly similar sequences (megablast) 这一项后,只出来了5条序列,全都是植物的,并且全是我们所做的一个属的(杨属)。5条序列中,有两条是预测蛋白质(Populus trichocarpa predicted protein, mRNA),有一条是unknown mRNA ,只有一条是complete cds,正好complete cds的这条是我们做的基因的,但它只排在第四。 我想问一下: ①Blast时,是不是先选Somewhat similar sequences (blastn)。有时当选Highly similar sequences (megablast)时却没有结果,那么是不是Somewhat similar sequences (blastn)的参考价值也不大? ②我做的Highly similar sequences (megablast)里的5条序列中,predicted protein、unknown mRNA 与complete cds相比,是不是complete cds的参考价值最大?在写论文时,要不要把predicted protein和unknown mRNA的这两类结果也写进去? 麻烦大家了!不胜感激!!! |
» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
化学工程,本211,求调剂,ab区不限
已经有4人回复
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有217人回复
湖北师范大学招调剂啦
已经有7人回复
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物,制药工程,食品专业的调剂生
已经有0人回复
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
化工申博
已经有3人回复
找到一些相关的精华帖子,希望有用哦~
NCBI BLAST的应用
已经有9人回复
请问RT-PCR的过程会产生插入、缺失、突变等情况吗?
已经有7人回复
NCBI在线blast的问题
已经有7人回复
想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊
已经有15人回复
菜鸟求助——着急求助解答:在NCBI上为什么下载不了FASTA格式的基因序列
已经有9人回复
PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵
已经有13人回复
质粒测序结果分析
已经有9人回复
NCBI中的BLAST使用
已经有12人回复
蝴蝶兰组培的一个污染菌,请大家看看是什么,最好能鉴定到属?谢了
已经有9人回复
测序结果的疑问
已经有7人回复
想问下在以cDNA为模板时,PCR的结果却是徒步 什么原因
已经有5人回复
NCBI上BLAST结果的标题翻译成中文,怎么样更准确?
已经有3人回复
同源性与进化树的矛盾
已经有24人回复
【求助/交流】关于基因序列比对
已经有6人回复
【求助/交流】目的基因PCR后电泳出现多条带
已经有7人回复
【分享】 在NCBI上使用BLAST等工具的心得【已搜索无重复】
已经有58人回复
科研从小木虫开始,人人为我,我为人人














回复此楼
点击这里搜索更多相关资源