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NCBI上Blast问题
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我把自己做的一个PCR产物连到pMD19-T克隆载体中，然后提取质粒在华大基因测序，测序结果成功，没出现什么问题。之后，我分析测序结果，将载体上的序列去掉，只剩下422bp插入子的序列。 将422bp序列在NCBI上Blast，起初选的是Somewhat similar sequences (blastn)这一项，出来很多条，有很多都不是我们做的物种的，我们做的是植物的，却出来很多动物的。选择Highly similar sequences (megablast) 这一项后，只出来了5条序列，全都是植物的，并且全是我们所做的一个属的（杨属）。5条序列中，有两条是预测蛋白质（Populus trichocarpa predicted protein, mRNA），有一条是unknown mRNA ，只有一条是complete cds，正好complete cds的这条是我们做的基因的，但它只排在第四。 我想问一下： ①Blast时，是不是先选Somewhat similar sequences (blastn)。有时当选Highly similar sequences (megablast)时却没有结果，那么是不是Somewhat similar sequences (blastn)的参考价值也不大？ ②我做的Highly similar sequences (megablast)里的5条序列中，predicted protein、unknown mRNA 与complete cds相比，是不是complete cds的参考价值最大？在写论文时，要不要把predicted protein和unknown mRNA的这两类结果也写进去？ 麻烦大家了！不胜感激！！！ |
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