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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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shenxing325

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问RT-PCR的过程会产生插入、缺失、突变等情况吗?

跟各位请教一下:
    第一次提RNA做RT-PCR,反转录用的酶是promega的M-MLV,PCR用的酶是Takara的高保真酶PrimeSTAR,然后用rTag酶72度处理了30min加A尾,最后转进T载体里面。如图所示,是T载体转化后的菌落PCR图,感觉几个条带的位置都稍有差异,所以选取了3、4、5三个较浓、大小有代表性的菌落摇菌然后测序。过程大致就是这样。
    结果让我奇怪的是这三个里面只有一个是我要的目的基因(5号),另外两个,其中一个(3号)发生了一些插入和缺失,有一大段和模板比对本来应该是在偏上游的位置,结果整段缺失,在偏下游的位置却出现了,并且多出了一个碱基,导致后面的序列都移码了;另外一个(4号)更加奇怪,几乎没有完整的orf除了上游引物部分对得上,后面的就完全不是我要的东西了,在NCBI上blast了一下,只有一个序列约有60%不到的碱基能比对得上,是属于比较近源的物种里面的。
    我想弄明白的是,这两段奇怪序列是从哪里来的,是在反转录的时候发生的插入、缺失和突变吗?为何还能得到我本来想要的序列?有劳各位!

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shenxing325

铜虫 (小有名气)

木有回复,自己顶一个吧。。。
2楼2012-10-15 15:08:31
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晨钟暮鼓w

金虫 (小有名气)

我觉得可能是你序列的问题的,我以前克隆TATAbox的时候有过这种情况,测序总不准,一般应该不能出现突变,不然就测序也就没有意义了,建议你换换试剂再做一遍试试
水花起处,我心凄然
3楼2012-10-15 15:56:03
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shenxing325

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 晨钟暮鼓w at 2012-10-15 15:56:03
我觉得可能是你序列的问题的,我以前克隆TATAbox的时候有过这种情况,测序总不准,一般应该不能出现突变,不然就测序也就没有意义了,建议你换换试剂再做一遍试试

我这里不是测不准,我换了两家公司测序,结果是一样的。因为之前对反转录不熟,所以要先排除是反转录的问题。在连接T载体之前,PCR产物看起来都挺亮挺窄的,不像是有几条条带夹在一起的样子。
4楼2012-10-15 16:28:21
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shenxing325

铜虫 (小有名气)

还是木有人,再顶一下
5楼2012-10-15 21:35:02
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shenxing325

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 晨钟暮鼓w at 2012-10-15 15:56:03
我觉得可能是你序列的问题的,我以前克隆TATAbox的时候有过这种情况,测序总不准,一般应该不能出现突变,不然就测序也就没有意义了,建议你换换试剂再做一遍试试

只有你一个回复,谢谢啦
6楼2012-10-18 10:05:30
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晨钟暮鼓w

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by shenxing325 at 2012-10-18 10:05:30
只有你一个回复,谢谢啦...

再帮你顶一下吧

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

水花起处,我心凄然
7楼2012-10-18 10:10:21
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shenxing325

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 晨钟暮鼓w at 2012-10-18 10:10:21
再帮你顶一下吧...

谢谢。。。已经关闭了,多谢啦
8楼2012-10-19 20:03:46
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