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ada800515

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何利用基因组DNA进行real time PCR ????

求助利用基因组DNA进行real-time PCR的相关问题。急急急急急!!!
我先介绍下试验设计:最近想要进行一个实验,是对基因组DNA进行葡萄糖基化修饰,然后利用内切酶进行酶切,在酶切位点的两端设计引物,并进行real-time PCR。如果内切酶识别的酶切位点被修饰了,则切不断;反之,没被修饰的能够切断。这样在酶切位点两端设计引物,进行real-time PCR,如果有扩增的片段,就证明酶切位点被修饰了,因为修饰的位点不能被切断;反之,没有扩增片段就证明这个位点没有被修饰。real-time PCR的结果就能体现修饰后,基因组DNA上酶切位点的修饰程度。
我现在有几个问题:
1.之前都是用mRNA进行逆转录PCR,然后用cDNA做模板进行real-time PCR,为了看基因的表达,这类real-time PCR可以选用GAPDH或者18S做内参。没做过用基因组DNA做模板进行real-time PCR。如果用基因组DNA做模板进行real-time PCR的话,应该选用什么做内参?
2.如果用相对定量法进行实验组与对照组之间的比较,可以用2-△△CT法吗?
3.如果不能用2-△△CT法,用什么方法检测实验组与对照组的差别。
还望各位,不吝赐教。
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ada800515

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-10 17:57:32
抱歉,刚才忘记了是基因组,酶切看不出差别,修改不了,在这说明一下

您好,请问为什么基因组DNA酶切看不出差别?我其实不是想看酶切后PCR产物的“有”或者“无",我是想看不同刺激下样品间的差异。由于基因组是多个细胞的基因组的混合,real time PCR 后从中可以看到量上的差别吧,这不就体现了不同刺激下,样品之间的差别了吗?我以前有做普通PCR,但是看不出量上的差别,所以想用更加灵敏的real time PCR
您提到的设计GAPDH做对照,是不是设计GAPDH基因组DNA的引物,然后以此作为内参,像做RT-qPCR那样,用2-△△CT法计算呢?还是需要做绝对定量吗?
还望继续指导。
4楼2013-01-11 10:18:48
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ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-10 20:28:21
ada800515: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-01-14 09:57:25
以前做过SNP位点的RFLP,和你的设计差不多,不过只要PCR--酶切--电泳,就可以看到结果
你的设计是基因组--处理--酶切--Realtime PCR,是这个意思么?
如果酶切之后可以电泳看到条带差别也就别做定量PCR了,多说明不了什么问题
我觉得如果要做的话,开始试验时设计一个管家基因比如GAPDH和一个你这个基因的其他片断做对照就行了
2楼2013-01-10 17:52:50
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ccharlien

木虫 (正式写手)

抱歉,刚才忘记了是基因组,酶切看不出差别,修改不了,在这说明一下
3楼2013-01-10 17:57:32
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ccharlien

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ada800515 at 2013-01-11 10:18:48
您好,请问为什么基因组DNA酶切看不出差别?我其实不是想看酶切后PCR产物的“有”或者“无",我是想看不同刺激下样品间的差异。由于基因组是多个细胞的基因组的混合,real time PCR 后从中可以看到量上的差别 ...

指导谈不上,大家讨论而已。基因组就是一团乱,你的基因占基因组的比重很小,即使都切开了也看不出差别。
如果你的处理达到目的,做Realtime应该是能看到差异的。相对定量可以,我觉得可以用GAPDH做内参,然后一对你酶切位点两端的引物,一对同一个基因其他部分的引物,证明基因的量没变是修饰的差别。
如果你普通PCR看不出量上的差别,可以减少循环数看看,也要考虑是不是酶切效率不足,摸索一下酶量和时间的优化,确保酶切把大部分没有修饰的位点都切开了
5楼2013-01-11 17:49:41
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