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求助，关于pcr扩增后产物序列在ncbi上的比对，以及3' race接头引物的设计。。
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我是研一的，刚接触实验，什么都不懂，在摸索过程中，希望大家多多帮助。。 两个问题，第一，我通过pcr扩增出了一个与预期大小一样的片段，pcr产物没有经过纯化回收就直接送到公司测序了。然后把测序结果在ncbi上比对了一下，结果我看不懂，希望大家帮我分析一下。 我测得的这个序列是我想要的基因么？为什么会中间空掉那么多？能接着往下做3' race么？  下面这个是我pcr的电泳图  第二个问题，接着往下做3' race，不买试剂盒，自己合成接头引物该怎么设计。。我从网上找了引物试了一下，结果就是，都没有结果。。  这是我的接头引物（从网上借的），3'ap-GCTGTCAACGATACGCTACGTAACGGCATGACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTT 3'Primer-GCTGTCAACGATACGCTACGTAACG 这个是自己设计的特异性引物，不过是根据上面那个公司测序序列设计的，很可能有很大关系，GSP1-TCGAACAACCGTTTATCAGGGCCAGTC   调了退火温度，换了rna模板的结果都是这样。我个人觉得是引物问题，是接头引物不能通用？还是需要我重新测中间片段的序列再设计特异性引物？ 因为是新人，问题比较多，但是金币比较少，希望大家不吝赐教，先谢谢各位了，帮助我进步吧。。  |
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3楼2012-11-14 19:52:06
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Fleaves
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