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ltakashi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于扩增未知序列,生物达人请进~已有4人参与

本人要扩增一段基因,
在NCBI上找了发现,只有蛋白质序列,
然后,我找了同源序列,进行了比对,
找到了比较保守的区域,
但是,这个保守区域,在我的基因的中间,不是从头开始的,
那么这样的话,我的目的基因就不能扩增全部,
前面至少还有二十来的碱基没有扩增到,
但是我如果用染色体步移TAIL-PCR的话,
发现说明书上说有效的TAII-PCR扩增出的目标片段的大小应该在250bp-2kb,
但是我的未知序列顶多也不超过50bp,
想请问,
我应该怎么扩增得到我要的全序列呢?





或者是我能不能直接把我的蛋白质序列转化成DNA序列,
根据DNA序列设计简并引物来扩增目的基因?

[ Last edited by ltakashi on 2011-2-25 at 16:41 ]
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ltakashi

银虫 (小有名气)

在线静等高人出现
2楼2011-02-25 16:39:46
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tongxinkxy

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
未知多少和要测多少没有关系吧
你可以把邻近的序列也当做未知的,测250bp的
3楼2011-02-25 16:49:24
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阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本人认为NCBI上既然有蛋白序列 那应该有核酸序列,到处找找看~你P的是什么基因?
4楼2011-02-25 16:51:29
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ltakashi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tongxinkxy at 2011-02-25 16:49:24:
未知多少和要测多少没有关系吧
你可以把邻近的序列也当做未知的,测250bp的

我只有目的基因序列,
不知道目的基因序列旁边的序列啊
5楼2011-02-25 16:54:03
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ltakashi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 阿修罗Axuro at 2011-02-25 16:51:29:
本人认为NCBI上既然有蛋白序列 那应该有核酸序列,到处找找看~你P的是什么基因?

仔细看过了,
只有蛋白序列,没核酸序列
6楼2011-02-25 16:57:47
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tongxinkxy

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ltakashi at 2011-02-25 16:54:03:
我只有目的基因序列,
不知道目的基因序列旁边的序列啊

不是那个意思
你先把中间的序列得到
然后根据已得的序列,进一步得到两头的序列
我做的时候是用的RACE-PCR做的,
原理都差不多
7楼2011-02-25 17:01:25
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ltakashi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tongxinkxy at 2011-02-25 17:01:25:
不是那个意思
你先把中间的序列得到
然后根据已得的序列,进一步得到两头的序列
我做的时候是用的RACE-PCR做的,
原理都差不多

我还是用步移的方法吗?
8楼2011-02-25 17:02:36
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tongxinkxy

银虫 (小有名气)


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引用回帖:
Originally posted by ltakashi at 2011-02-25 17:02:36:
我还是用步移的方法吗?

没看清楚
这个方法我也不了解,我不知道是不是一样的原理
9楼2011-02-25 17:06:59
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阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你P的是什么基因呢?
可以设计简并引物。。。。。
10楼2011-02-25 17:11:42
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