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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于扩增未知序列，生物达人请进~
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ltakashi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于扩增未知序列，生物达人请进~ 已有4人参与

本人要扩增一段基因，
在NCBI上找了发现，只有蛋白质序列，
然后，我找了同源序列，进行了比对，
找到了比较保守的区域，
但是，这个保守区域，在我的基因的中间，不是从头开始的，
那么这样的话，我的目的基因就不能扩增全部，
前面至少还有二十来的碱基没有扩增到，
但是我如果用染色体步移TAIL-PCR的话，
发现说明书上说有效的TAII-PCR扩增出的目标片段的大小应该在250bp-2kb，
但是我的未知序列顶多也不超过50bp,
想请问，
我应该怎么扩增得到我要的全序列呢？





或者是我能不能直接把我的蛋白质序列转化成DNA序列，
根据DNA序列设计简并引物来扩增目的基因？

[ Last edited by ltakashi on 2011-2-25 at 16:41 ]
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1楼 2011-02-25 16:36:09
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ltakashi

银虫 (小有名气)
在线静等高人出现
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2楼2011-02-25 16:39:46
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tongxinkxy

银虫 (小有名气)
★
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未知多少和要测多少没有关系吧
你可以把邻近的序列也当做未知的，测250bp的
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3楼2011-02-25 16:49:24
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阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本人认为NCBI上既然有蛋白序列 那应该有核酸序列，到处找找看~你P的是什么基因？
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4楼2011-02-25 16:51:29
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ltakashi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tongxinkxy at 2011-02-25 16:49:24:
未知多少和要测多少没有关系吧
你可以把邻近的序列也当做未知的，测250bp的

我只有目的基因序列，
不知道目的基因序列旁边的序列啊
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5楼2011-02-25 16:54:03
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ltakashi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 阿修罗Axuro at 2011-02-25 16:51:29:
本人认为NCBI上既然有蛋白序列 那应该有核酸序列，到处找找看~你P的是什么基因？

仔细看过了，
只有蛋白序列，没核酸序列
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6楼2011-02-25 16:57:47
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tongxinkxy

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by ltakashi at 2011-02-25 16:54:03:
我只有目的基因序列，
不知道目的基因序列旁边的序列啊

不是那个意思
你先把中间的序列得到
然后根据已得的序列，进一步得到两头的序列
我做的时候是用的RACE-PCR做的，
原理都差不多
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7楼2011-02-25 17:01:25
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ltakashi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tongxinkxy at 2011-02-25 17:01:25:
不是那个意思
你先把中间的序列得到
然后根据已得的序列，进一步得到两头的序列
我做的时候是用的RACE-PCR做的，
原理都差不多

我还是用步移的方法吗？
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8楼2011-02-25 17:02:36
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tongxinkxy

银虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by ltakashi at 2011-02-25 17:02:36:
我还是用步移的方法吗？

没看清楚
这个方法我也不了解，我不知道是不是一样的原理
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9楼2011-02-25 17:06:59
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阿修罗Axuro

金虫 (小有名气)
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你P的是什么基因呢？
可以设计简并引物。。。。。
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10楼2011-02-25 17:11:42
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